TCGA数据挖掘(miRNA)+细胞功能实验发文思路

今天分享一篇TCGA数据挖掘(miRNA)+细胞功能实验发文思路的文章,这篇于2021年2月21日在World J Surg Oncol上发表。这篇文章的思路大体如下:通过TCGA数据挖掘和利用PCR进行验证miR-378a-5p的表达并且进行相关细胞功能实验分析,探索该miRNA的下游作用机制。参考文章来源:PMID: 33608020 PMCID: PMC7896405 DOI:

10.1186/s12957-021-02166-w。

文章题目:miR-378a-5p inhibits the proliferation of colorectal cancer cells by downregulating CDK1

研究背景:

MicroRNA(miRNA)在肿瘤发生中起重要作用。在这项研究中,研究了miR-378a-5p和CDK1在结直肠癌(CRC)中的作用。

研究方法:

分别通过TCGA数据库和qRT-PCR大分析miR-378a-5p在结直肠癌病理组织、结直肠癌细胞系中的表达。我们进行了细胞功能实验(CCK-8试验,EdU试验,集落形成试验,伤口愈合试验,transwell试验,细胞凋亡评估和细胞周期评估)和裸鼠肿瘤形成实验,以评估miR-378a-5p在体内和体外的增殖、转移、侵袭的作用。接下来,通过TCGA数据库,病理组织的免疫组织化学染色和细胞功能实验,通过数据库预测验证了miR-378a-5p的靶基因CDK1的作用,并在大肠癌细胞中进行了双重荧光素酶报告基因实验。最后,通过CDK1的过表达研究了CDK1的上调是否能恢复miR-378a-5p的过表达对CRC细胞增殖的抑制作用。

研究结果:

生物信息学分析表明结直肠癌(CRC)中miR-378a-5p水平显着下调。细胞功能实验和肿瘤异种移植小鼠模型证实了miR-378a-5p在CRC组织中的低表达,这表明miR-378a-5p在CRC中具有抑癌作用。为了更好地探索miR-378a-5p在CRC中的调控,我们预测并验证了细胞周期依赖性蛋白激酶1(CDK1)作为miR-378a-5p靶标基因,并观察到miR-378a-5p通过抑制CRC细胞增殖定位到CDK1。

研究结论:

这项研究的结果有助于阐明miR-378a-5p可以用作抑制结直肠癌和CDK1生长的肿瘤标志物的机制,这与结直肠癌患者的预后有关。MiR-378a-5p通过抑制CDK1表达来抑制CRC细胞增殖,而CDK1表达可能成为治疗CRC的可能治疗靶标。

分析内容:

1、通过TCGA数据和qRT-PCR测得的临床样本以及细胞系发现miR-378a-5p在CRC中的表达水平较低


2、通过EdU试验,伤口愈合试验,transwell试验发现miR-378a-5p阻碍了CRC的增殖和迁移潜能

3、miR-378a-5p在异种移植小鼠模型中促进结直肠细胞凋亡并抑制肿瘤生长

4、通过TargetScan预测miR-378a-5p的靶基因,发现CDK1可以作为其靶基因,CDK1在CRC组织中高表达

5、利用qRT-PCR测得CDK1在细胞系中高表达,并且通过CCK-8试验发现CDK1促进CRC细胞增殖和迁移

6、通过WB、集落形成试验、细胞凋亡评估、细胞周期评估发现CDK1的上调恢复了过表达的miR-378a-5p对CRC细胞增殖的抑制作用

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