生物信息学数据库及在线工具汇总 (更新)

核酸数据库

  • NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]

    NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美国国立生物技术信息中心

  • EMBL [https://www.ebi.ac.uk/ena]

    欧洲分子生物学实验室EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)

  • DDBJ [https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html]

    DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是世界三大DNA 数据库之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库

  • CNGB [https://db.cngb.org/]

    中国国家数据库(China National GeneBank)位于深圳大鹏新区,是继世界三大数据库之后的全球第四大国家级数据库。它是中国首个,也是唯一一个国家基因库,相对于全球另外三个基因库而言,国家基因库样品保存的规模、存储量和可访问的数据量皆是全球最大。

  • BIGD [https://bigd.big.ac.cn/]

    中国国家基因组科学数据中心 生命与健康大数据中心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

非编码RNA数据库

1.非编码小RNA数据库
2.长非编码RNA数据库:
3.非编码RNA家族数据库
4.非编码RNA序列数据库

蛋白质数据库

0.蛋白质信息
1.蛋白序列数据库
2.蛋白质结构数据库
3.蛋白组数据库
4.蛋白质功能域数据库
5.蛋白互作数据库

代谢数据库

MapMan:一个功能强大的代谢途径查看和编辑软件

1.代谢途径数据库
2.代谢组学常用数据库
3.表型数据库

序列比对

1.序列与数据库比对
2.多序列间比对
  • Clustal
3.序列进化树分析
  • MEGA

基因分析

0.基因信息
1.基因注释
2.基因功能预测:
3.基因结构预测
4.同源基因分析
5.亚细胞定位预测
6.启动子分析
7.调控目的基因的miRNA预测
8.表达分析
  • ArrayExpress [https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ ]

    数据来自EMBL的高通量功能基因组学实验的数据;

  • BAR [http://bar.utoronto.ca]

    在分析基因功能时,通常会参考基因的表达模式,即基因在植物不同组织不同发育时期的表达丰度变化。通过在线分析网站BAR对候基因进行表达分析。 是一个植物生信分析资源网站,用该网站分析基因表达时,不仅可以获得基因表达模式的热图,还可以获得可视化的电子荧光图片,直观呈现基因在植物组织中的表达位置。

9.基因结构绘制

蛋白质分析

1.蛋白二级三级结构预测及绘图
2.蛋白特性分析
  • ProtParam [http://web.expasy.org/protparam/]

    蛋白特性分析是指蛋白的一些物理和化学参数,如分子量、等电点、氨基酸和原子组成、消光系数、半衰期、不稳定系数、脂肪族氨基酸指数、亲水性。这些参数,有助于进行蛋白的相关生化实验。比如在体外体系(大肠杆菌、酵母等)表达和纯化目的蛋白时,需要考虑蛋白的分子量、等电点、消光系数、不稳定系数和亲水性等。在酶活实验中,也需要根据这些参数优化实验体系。

3.蛋白亲疏水性分析
  • Protscale [https://web.expasy.org/protscale/]

    蛋白氨基酸的亲疏水性主要由其侧链基团R,如果R只是H或是C、H两元素组成的话,都是疏水的,如果含有极性侧链基团,如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等,则就是极性的(亲水的)。疏水性氨基酸有酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丙氨酸和蛋氨酸(甲硫氨酸)。疏水性氨基酸在蛋白质内部,在保持蛋白质的三级结构上,酶和基质、抗体和抗原间的相互作用等各种非共价键的分子结合方面,具有重要作用。

4.跨膜结构分析
  • TMHMM [http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/]

    蛋白的跨膜结构分析对于预测蛋白的亚细胞定位密切相关。如果具有跨膜结构,蛋白很可能定位于细胞中与膜相关的结构,如细胞质膜、叶绿体膜或线粒体膜等内膜系统。此外,蛋白跨膜结构分析对于蛋白功能分析也有一定的帮助。比如某蛋白没有跨膜结构,但是亚细胞定位实验显示其可定位于膜相关结构,这说明该蛋白可能通过其他膜定位蛋白招募过去的。

5.信号肽分析
  • SignalP [http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/]

    峰信号位置为信号肽切割点,峰之前的序列为信号肽

    信号肽是指引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链,常位于蛋白的N-末端,负责把蛋白质引导到不同膜结构的亚细胞器内。编码分泌蛋白的mRNA在翻译时首先合成N末端的信号肽,它被信号肽识别蛋白(SRP)所识别,SRP将核糖体携带至内质网上,内质网膜上的 SPR 受体识别并与之结合。新合成蛋白在信号肽引导下到达内质网内腔,而信号肽则在信号肽酶的作用下被切除。由于它的引导,新生的多肽就能够通过内质网膜进入腔内,最终被分泌到胞外。在宿主菌中表达外源蛋白时,可用信号肽引导外源蛋白定位分泌到胞外,提高蛋白可溶性,在原核表达系统(大肠杆菌、芽孢杆菌等)和真核表达系统(如毕赤酵母)中均有应用。

6.磷酸化位点分析
  • NetPhos [http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/]

  • KinasePhos-2.0 [http://kinasephos2.mbc.nctu.edu.tw/]

    蛋白质磷酸化指由蛋白质激酶催化的把 ATP 的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基(丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸)上的过程,或者在信号作用下结合 GTP(通常以 GTP 取代 GDP),是生物体内一种普通的调节方式,在细胞信号转导的过程中起重要作用。在信号达到时通过获得一个或几个磷酸集团而被激活,而在信号减弱时能去除这些集团,从而失去活性。有时某个信号蛋白磷酸化通常造成下游的蛋白依次发生磷酸化,形成磷酸化级联反应。

参考:

http://www.pathguide.org
https://www.jianshu.com/p/e09dd3db76c3?utm_campaign=haruki&utm_content=note&utm_medium=reader_share&utm_source=weixin_timeline&from=timeline
http://m.sohu.com/a/202115741_629408
https://bigd.big.ac.cn/?lang=zh

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