RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具

写在前面:
来自生信技能树《生信必修课之软件安装》学会用包管理工具安装软件

普通安装和配置,请看这篇Linux下bowtie2安装(非conda)和配置


注意

现在清华镜像源链接已经失效,所以下面的有些内容不适用,但道理一样。请看conda清华镜像源失效后的软件安装


正式开始

查看变量
echo $PATH

用户配置文件
~ /.bshrc

-启动环境:source activate

-添加镜像源:conda config -add conda config --show

-查看已有环境:conda env -info

-搜索:conda search

-创建新环境:conda create -n env_name -prefix python=2 bwa

-删除环境:conda remove -n env_name -all


一 安装miniconda

清华园镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/#

获取下载链接-应用软件-miniconda3(linux 64)

复制地址

mkdir src 

cd src  

~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh

~/src$ bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh

配置conda环境

先启动conda环境

source ~/miniconda3/bin/activate

conda search bwa
结果搜索不到,需要添加channels

添加频道

去清华镜像源,anaconda小问号打开
复制以下命令

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 

conda config --set show_channel_urls yes  

回到linux粘贴

另外再添加第三方频道

下面这个一定添加

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

接下来安装bioconda频道

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 

用vim进行查看

vim ~/.condarc 

二 学习conda基本操作的管理环境

-搜索bwa进行安装(注意是在conda环境下(base))

conda search bwa

结果可以发现有很多bwa version可以安装,我们用以下命令安装(y代表yes)

conda install bwa -y 

下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等
可以进行搜索,比如samtools,可以看到其很多版本,目前最高1.9(7/24/2018 4:23:35 PM )

返回command line

conda install samtools=1.9 -y 

再安装一次1.8,看conda如何处理不同的版本。

conda install samtools=1.8 -y 

直接降级处理,并没有像windows一样卸载再重装

体验下环境的区别

echo $PATH 

/home/kelly/miniconda3/bin:/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:

当前的环境是miniconda3环境,下面这个命令就是启动这个环境

source ~/miniconda3/bin/activate

现在退出miniconda3环境看,还能不能运行bwa和samtools

source deactivate 

可以发现bwa不能运行了

再次查看环境变量

echo $PATH 

/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:/usr/local/sbin:

可以发现,环境变量里没有miniconda3环境了。那如何执行呢,有两种方式

1手动输入路径

~/miniconda3/bin/bwa

2每次手动输入比较麻烦,可以通过添加软链接方式执行,再看下环境变量

echo $PATH 

/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:

把bwa软链接到/.local/bin下

mkdir -p ~/.local/bin  

ln -s ~/miniconda3/bin/bwa ~/.local/bin 

现在再执行bwa命令就可以了,同理可以进行samtools的软链接

ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ~/.local/bin

三 管理环境变量 安装python2环境

启动minicon3环境

source ~/miniconda3/bin/activate
#查看conda环境#
conda info --envs

可以看到只有miniconda3,但是有些软件比如macs2是在python2环境

conda重新建立一个python2环境

conda create -n python2 python=2 

这样可以安装python2环境,会装上新的依赖包,创建新python2环境

安装完成后,会提示如何启动python2环境

conda activate python2 

或者用
source activate python2

可以安装macs2软件了

conda install macs2 

可以查看环境变量看是否安装好了python2环境

echo $PATH

/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin:/home/kelly/miniconda3/bin:

可以看出Python2环境已经存在

macs2
which macs2 

/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin/macs2

注意,当前Python2环境可以执行macs2,但是一旦退出环境就不能用了

source deactivate#退出python2
source deactivate#退出base 

现在macs2无法使用,解决方式和上面的bwa一样

第一,通过实际路径执行

~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2

第二,软链接ln

ln -s ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2 ~/.local/bin/ 

以上两种都可以执行macs2

另外,进入python3环境

source ~/miniconda3/bin/activate 

也可以执行macs2

通过vim可知,

vim ~/.local/bin/macs2

!/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin/python

如何删除环境

conda remove -n python2 --all
或者 
rm -rf ~/miniconda3/envs/python2/      

总结 conda安装小技巧

-1 根据软件所用的编程语言确定安装策略
-2 安装conda不要添加到环境变量中,用source activate启动
-3 官方的channel靠后,避免channel之间依赖关系混乱
-4 新建一个或多个安装环境安装生信软件
-5 国内用户利用好清华源镜像
-6 搜索生信软件用https://bioconda.github.io/

三 用conda安装转录组分析软件

-hisat2 samtools sratoolkit

-htseq-count

-fastqc trimmomatics

生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html

python3环境(base)  
 
conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) 

biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件

注意要在python2环境下安装htseq,先启动python2环境

source activate python2
conda install htseq(/一定注意不能再当前环境python3安装,要启动python2环境!我不小心按了y,在python3安装完成了,然后用conda install htseq卸载) 
conda install htseq -y
启动htseq-count
htseq-count

继续搜索hisat2

回到python3环境安装(base)

source deactivate
conda install hisat2 
conda install hisat2 sra-tools -y  #注意原视频这里有点小错误,应该是sra-tools,不是sratoolskit

END

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