转录组软件安装
一、软件安装对于新手来说绝对是一个大坑，各种报错，幸好已经有很多牛人给探好路了，按照他们的方法基本可以排除各种问题。
http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=856#lastpost
二、自动化安装软件conda：
（1）在官网找到安装包：在linux下执行如下代码：
1. wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh
2. # curl:https://www.continuum.io/downloads
#正常情况下会自动添加到环境变量里的，如果错过，可以如3,4手动添加。
3. vi ~/.bashrc
4. export PATH="/home/bigbear/anaconda3/bin:$PATH"
5. source ~/.bashrc
（2）Conda安装好以后，利用conda list查看已经安装软件;一些生物信息软件并不在conda的安装频道里，比如：conda install bwa无法安装bwa这个软件，这时我们需要配置一下频道：
1. conda config --add channels conda-forge
2. conda config --add channels defaults
3. conda config --add channels r
4. conda config --add channels bioconda
查看已经添加的channels：
conda config --get channels
conda update软件名可以对软件进行升级:eg.conda update bwa
conda remove卸载已经安装的软件
安装软件，如下：
conda install -c bioconda samtools=1.5
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
conda install-c jfear sratoolkit=2.8.1
#等号后面是软件版本，可以不添加，conda自动识别最新版本安装。
参考链接：1：http://www.bio-info-club.com/?p=207
