基于基因家族的生信发文思路

本次分享一下基因家族的生信发文思路,文章发表在Cancer Medicine 上,影响因子:3.491,中科院分区:三区。作者分析了exostosin蛋白家族的两个基因:EXT1和EXT2 ,主要进行表达水平的差异分析、功能分析、预后分析,最后发现只有EXT1可以成为具有预后价值的biomaker

文章题目:Exostosin1 as a novel prognostic and predictive biomarker for squamous cell lung carcinoma: A study based on bioinformatics analysis

分析思路:

1、登陆Oncomine数据库和UALCAN数据进行差异分析,发现EXT1EXT2在LUSC组织出现高表达(vs normal),并且根据临床特征进行相关分析具体结果如下图:


2、登陆CELL数据库进行查看细胞系的表达水平,并且进行qPCR验证,发现EXT1和EXT2在细胞系的表达也是比较高的,然后进行WB实验分析蛋白表达水平,同样得到验证(利用以前的实验结果验证),结果如下:


3、登陆GEPIA数据库进行预后分析,根据生存曲线的结果,发现只有EXT1具有预后价值


4、对EXT1进行共表达分析,寻找相关的共表达基因,并且对共表达基因进行GO、KEGG、PPI分析,结果如下:


5、寻找EXT1上游的miRNA,利用ENCORI 数据库进行预测,将得到的miRNA构建网络,差异分析,生存分析


总结:

1、本文分析思路简单明了、操作非常简单,基本都是利用点点就可以出结果的数据进行操作(Onomine、UALCAN、GEPIA、CELL数据库),所以文章的图片非常一般。

2、虽然补充了实验进行验证,但是都是简单的验证,而且还是几年前的实验结果,这样就大大降低文章的花费成本,可以说是零成本。

3、本文最难的地方就是如何发现这个值得研究的基因家族,可能是源于作者以前的研究基础,或者通过阅读文献发现的...

4、如果想将文章深度加深,则可以尝试研究EXT1的作用机理,这就要意味花费更多的时间、科研经费、精力。

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