CR-单细胞水平研究人类睾丸细胞图谱

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标题:The Neonatal and Adult Human Testis Defined at the Single-Cell Level
期刊:Cell reports
日期:FEBRUARY 05, 2019

  这篇文章算是比较中规中矩的单细胞研究某一器官图谱的文章形式,文章的亮点主要包括1)通过scRNA-seq分析定义新生儿和成人睾丸细胞亚群;2)新生儿包含原始生殖细胞和SSC样细胞;3)定义了具有不同标记的许多成体精原细胞状态;4)定义了新生儿和成人睾丸“生态位”细胞和因子。

文章框架

  文章通讯作者Miles Wilkinson, Ph.D.加利福尼亚大学圣地亚哥分校妇产科和生殖科学系教授,研究领域包括:

  • RNA
  • Stem cell biology
  • Epigenetics
  • Reproductive biology
  • Developmental biology
  • Neurobiology
  • Cancer
    等方向,集中在基因调控回路对正常发育和疾病的影响。


    PI

  文章使用10X公司scRNA-seq来分析成人新生儿睾丸中的所有细胞,来定义所有主要的精子和体细胞亚群。通过比较新生儿和成人睾丸细胞的基因表达变化情况,描述了精子发生的时间序列等,整体的结果描述了人类睾丸组织精子细胞及体细胞的细胞发育图谱。


单细胞分群

文章分析很常规,原始数据利用10X公司提供的cellranger流程处理,得到matrix,后续分析采用Seurat包完成质控,降维聚类等分析,睾丸单细胞分群情况,共分为7群,其中比较大的SPG群,后续又对这个细胞群进行亚群分析,鉴定发现了一些新的细胞亚型。


亚群

对于分化发育等细胞,可以利用monocle包进行时间序列分析。根据基因表达情况推测细胞当前所处的每个分化阶段位置。
时序分析

鉴定描述新发现的SPG细胞亚型


鉴定描述新发现的SPG细胞亚型

鉴定描述新发现的SPG细胞标记
鉴定描述新发现的SPG细胞标记

人类睾丸中体细胞群的表征
人类睾丸中体细胞群的表征

人类睾丸中的受体 - 配体信号相互作用
人类睾丸中的受体 - 配体信号相互作用

人类雄性配子发生模型和新生儿信号
人类雄性配子发生模型和新生儿信号

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