快速绘制Upset图

分析背景

提到集合的可视化，大家第一时间想到的是用Venn图来展示，在前期的推文中，小编也给大家分享了venn图的绘制方法。然而，值得一提的是，小编分享的方法是基于R语言，并将根据项目经验，将常规的代码语句进行封装，对于刚入门的小白来说，只需要整理好自己的数据，将数据传入到函数中，即可得到高质量的Venn图，方面快捷，省时省力。但是，当集合数多比如 7个以上的时候那就会看的眼花缭乱了。
针对上面这种情况，小编今天可大家编写了一个用于多个集合数据可视化小程序——集合图，并且小编已经将其封装成函数，小伙伴们只需将自己的数据传入到函数中，即可做出高质量的图片，保存下来，AI编辑一下，就可以插入到自己的论文写作中，话不多说，直接上脚本！

分析方法

# 安装R包
if (!requireNamespace("UpSetR", quietly = TRUE))
  install.packages("UpSetR",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if (!requireNamespace("RColorBrewer", quietly = TRUE))
  install.packages("RColorBrewer",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if (!requireNamespace("data.table", quietly = TRUE))
  install.packages("data.table",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
# 自定义函数
## 快速读入数据
readFlie=function(input,type,row=T,header=T){
  # input 为读入文件的路径，type为读入文件的类型，格式为‘.txt’或‘.csv’,row=T,将文件的第一列设置为列名
  library(data.table,quietly = TRUE)
  if(type=='txt'){
    dat = fread(input,header = header,sep='\t',stringsAsFactors = F,check.names = F)
    if(row){
      dat = as.data.frame(dat,stringsAsFactors = F)
      rownames(dat) = dat[,1]
      dat = dat[,-1]
    }else{
      dat = as.data.frame(dat,stringsAsFactors = F)
    }
  }else{
    dat = fread(input,header = header,sep=',',stringsAsFactors = F,check.names = F)
    if(row){
      dat = as.data.frame(dat,stringsAsFactors = F)
      rownames(dat) = dat[,1]
      dat = dat[,-1]
    }else{
      dat = as.data.frame(dat,stringsAsFactors = F)
    }
  }
  return(dat)
}

阅读原文，获取脚本源码和测试数据。

实战演练

df = readFlie('./upset.txt',type = 'txt',row = F)
# 抽取数据，制造测试数据
set.seed(1234)
df_list = list('Symbol1'=sample(df$symbol,180),'Symbol2'=sample(df$symbol,200),
               'Symbol3'=sample(df$symbol,220),'Symbol4'=sample(df$symbol,240),
               'Symbol5'=sample(df$symbol,260),'Symbol6'=sample(df$symbol,280),
               'Symbol7'=sample(df$symbol,300),'Symbol8'=sample(df$symbol,310),
               'Symbol9'=sample(df$symbol,150))
# 绘制集合图
# 4维集合图
wn_upset(df_list[1:4])
# 6维集合图
wn_upset(df_list[1:6])
# 9维集合图
wn_upset(df_list)
# 保存图片
pdf('./up_set.pdf',height = 9,width = 16)
# 8维集合图
wn_upset(df_list[1:8]) 
dev.off()

参考文献

Lex, A., Gehlenborg, N. Sets and intersections. Nat Methods 11, 779 (2014).
A. Lex, N. Gehlenborg, H. Strobelt, R. Vuillemot and H. Pfister, "UpSet: Visualization of Intersecting Sets," in IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, vol. 20, no. 12, pp. 1983-1992, 31 Dec. 2014.
Conway J R, Lex A, Gehlenborg N. UpSetR: an R package for the visualization of intersecting sets and their properties[J]. Bioinformatics, 2017, 33(18): 2938-2940.

最后编辑于：2020.09.10 10:08:24