exoRBase外泌体数据库挖掘(ceRNA调控网络)

       今天我们生信自学网给大家介绍外泌体构建ceRNA网络的课程。首先给大家介绍一个人血液外泌体中RNA的数据库——exoRBase,它可以帮助我们迅速获取来自人血液外泌体的RNA-seq数据分析得到的circRNA、lncRNA以及mRNA的信息。通过exoRBase数据库,我们可以下载circRNA、lncRNA和mRNA数据,然后找出差异circRNA,lncRNA和mRNA。对于差异circRNA、lncRNA和mRNA,我们分别预测这三种RNA相结合的miRNA,以miRNA作为桥梁,我们可以构建circRNA、lncRNA、mRNA和miRNA四种RNA的调控网络。

        exoRBase数据库一共有92个样本,58330个circRNA、15501个lncRNA、18333个mRNA。数据库收录的样本包括健康对照者32例,冠状动脉心脏疾病(CHD)6例,结肠癌(CRC)12例,肝细胞癌(HCC)21例,胰腺腺癌(PAAD)14例,乳腺癌2例。



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