circos的perl 模块安装

圆形,总是给人一种包罗万象的感觉。的确,从视觉效果来说,圆形展示的信息肯定要比线型图多得多。

1.circos简介。

官网在这:http://circos.ca/

帮助文档链接:http://www.circos.ca/documentation/tutorials/

建议大家参考他给出的例子 http://circos.ca/software/download/tutorials/


2.circos的安装,


因为circos是一个perl语言编写的程序。所以要使用circos必先安装perl。

https://www.perl.org/get.html


选择windows,下载,双击安装在C盘下面;安装好后,测试下,看是否正常安装,cmd进入命令行,键入Perl -v ,若有显示信息。

则表明安装正常。




如果想安装在服务器上的话,直接 conda install -c bioconda circos。

如果在window上,

下载安装最新的。把此压缩文件解压,放到我们想安装的地方,我的是在 E:/d/Circos-0.69-6,里面所对应的文件如下:

我这个文件夹是把circos-tutorials-0.67的文件也放进去了。

3.配置perl模块。


上面是所需的perl 模块。以第一个为例子。


其他的也是这个思路,有些文件的第五步可能不是dmake,自己可以看看readme文档。

4.运行circos提供的实例。

1、进入example目录:因为我装在E盘。这里要注意路径。

2.调试第一个例子;

perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf


后续没有报错就是安装正确。调试的第二个例子也是一样。

3.实操(留给下一节)

推荐阅读更多精彩内容