《爱丽丝梦游仙境2：镜中奇遇记》的故事，承接着第一部电影《爱丽丝梦游仙境》延展而来。演员还是那些演员，只是导演从蒂姆·伯顿换成了詹姆斯·博宾，当然，豆瓣评分也降低了一大截。
在《爱丽丝梦游仙境》的结尾，爱丽丝与艾斯克男爵谈到拓宽市场的生意，男爵邀请爱丽丝进入自家的公司实习，爱丽丝于是登上远行的船。
三年后，已经从普通船员升级为船长的爱丽丝拥有精湛的航海术，超人的胆识和勇往直前的决心，与大海搏斗，与海盗战争，见识了国外的大江大河，所有人都恭敬的称她为船长，但三年的历练，在回到英国后被打回原形。
爱丽丝回国后，本想向艾斯克男爵陈述报告，却被告知艾斯克男爵已经过世，他的儿子汉密斯·艾斯克继任男爵，而由于爱丽丝曾当众拒绝现任男爵汉密斯的求婚，汉密斯怀恨在心。
爱丽丝的母亲海伦一直希望爱丽丝结婚回归家庭，而不是和丈夫一样在海上风雨兼程，于是把艾斯克男爵赠送的10%的股份卖给了汉密斯，还把房子也卖了，以此逼迫爱丽丝卖掉父亲的船来赎回房子。
爱丽丝被逼到走投无路，这时，已经从毛毛虫蜕变为蝴蝶的智虫来找爱丽丝，再次把爱丽丝带到地下世界，让爱丽丝拯救陷入危机的疯帽匠。
如果说《爱丽丝梦游仙境》是爱丽丝在拯救地下世界的同时，不断找寻自我、战胜心中的恐惧的过程，第二部电影则是爱丽丝试图改变历史、找寻父亲并拯救疯帽匠一家，来证明历史的不可逆，以此推进自我的再一次成长。
因此，这个故事里，23岁的爱丽丝依然是个小女孩，和20岁的爱丽丝没有什么两样，还是个未成年小孩。
爱丽丝继承了父亲的商业梦想和胆识，走上父亲的道路，但爱丽丝的事业受到包括母亲和姐姐在内的所有人的反对，即使爱丽丝依靠自己的能力闯出一片事业，受到的还是只有嘲讽和冷遇。
孤立无援的爱丽丝格外思念早早离去的父亲，她认为只有父亲不会卖掉船，不会反对自己的事业，外表强大的爱丽丝，心中住着一个孤独的，渴望父爱，渴望得到认同的小女孩，所以当她进入地底世界，她很快就适应得如鱼得水。
因为地下世界都是她的朋友，认同她，接纳她，并需要她，所以当她知道时空魔法球可以帮助疯帽匠时，她立刻去偷时空魔法球，回到过去企图改变历史，她仍是一个热心却冲动的爱丽丝。
她不顾时间的阻拦，执意偷走时空魔法球，回到过去，却发现她改变不了历史，还差一点造成万世毁灭。
差点毁灭一切后，她发现，时间不能重来，时间也不是偷走一切的小偷，我们要做的，是从过去的时间里学到面对未来的经验。
又学到了一点的爱丽丝回到现实世界，决定在卖船赎房协议上签字，却没想到一直反对爱丽丝的妈妈突然脑回路被雷劈了，想通了，决定和爱丽丝一起去航海，这个结尾，我只能呵呵呵。
很多人不喜欢爱丽丝抢走别人马车和偷走时空魔法球的桥段，我最不喜欢的是疯帽匠故意让红皇后在众人面前出丑，还故意嘲笑红皇后，我对疯帽匠这个人的品格持怀疑态度。
同时，爱丽丝秉承的观点是助人为乐，对于她助的人，助人的方式，她的自以为是，我认为都很让人讨厌，她有一颗自私的圣母心。
而这种心，会让她永远不会成年。
