融合基因检测 tophat-fusion 报错 "basic_exception.h:236 FAILED" 解决方案

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tophat-fusion 报错

RNA-seq 数据检测融合基因,在 tophat-fusion 这一步报错:

./SeqAn-1.4.2/seqan/basic/basic_exception.h:236 FAILED!  (Uncaught exception of type St12out_of_range: basic_string::substr)

第一次运行的是 tophat 报这个错,然后换用 tophat2 重新运行,还是报这个错。

google 之后发现 biostar 有人给出了解决办法,很简单,用tophat2.1.0这个版本就好了!我检查了一下自己的 tophat2 是 2.1.1 的,重新下载 tophat2.1.0 然后安装重跑,浪费了我半天时间的 bug 就解决了。

为什么 tophat1 和 tophat2.1.1 都在这里出问题,而唯独 tophat2.1.0 顺利跑完了……


tophat-fusion-post 数据库配置

从 tophat-fusion 官方站点下载 ensGene.txt 和 refGene.txt,以及 blast 数据库中的 human*, nt*, other* ,这些数据库一个都不能少。


更新一个注意事项

tophat-fusion-post 是用来过滤 tophat-fusion 得到的融合基因初步位点,由于 tophat-fusion-post 这一步用的数据库是 hg18, hg19, hg38 这一系列的,因此在前一步 tophat-fusion 必须也使用 hg 系列来作参考基因组,否则经过过滤之后得不到任何结果,0 位点输出,而且软件并不会给出任何错误提示。

想必很多用 tophat 分析融合基因的人都被这个点坑过,我分析很有可能是跟参考基因组的染色体名称是否有 chr 有关系 ……

要规避 phred-33 和 phred-64 之坑,还要规避参考基因组的染色体名称有无 chr 前缀之坑,真是让人哭笑不得。

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