[比较基因组] 基因家族聚类(Orthofinder)

  • 输入数据
    下载蛋白数据,提取最长转录本(可利用TBtools中的Fasta Get Representive)
  • Orthofinder
conda install orthofinder
  • 配置文件 run_orthofinder.sh


    image.png
  • 运行
nohup sh run_orthofinder.sh > data.out.log 2>&1 &
  • 结果


    image.png
  • 结语
    Orthofinder的结果更适合做下游分析,例如结果文件中的MultipleSequenceAlignments中的SpeciesTreeAlignment.fa文件可用于建物种树。

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