公元25年
正月方望和安陵人弓林共同拥立前定安公刘婴当皇帝。占据临泾。更始皇帝刘玄派遣丞相李松讨伐方望等，将他们全部斩杀。
邓禹的军队进抵箕关，打败河东郡都尉的军队，进军包围了安邑县。
赤眉军的两支队伍在弘农会师。刘玄派讨难将军苏茂抵挡，苏茂军队大败。三月刘玄派丞相李松继续与赤眉作战，李松大败。于是赤眉军向北推进到湖城。
四月公孙述在成都即帝位。
萧王刘秀率军北进，在元氏攻打尤来、大枪、五幡等几支贼寇军队，一直追到北平，连战连捷，之后刘秀乘胜率军冒进，反被贼军打败。刘秀死里逃生，败兵退归范阳据守，大军一时群龙无首几天才安定下来。刘秀军队再次进军，击败敌人，敌人所过大肆掳掠，陈俊向刘秀建议，提前通知百姓，坚壁清野，不要给贼寇粮食，可以不攻打，他们就被消灭，刘秀同意。派陈俊下去安排。之后贼军果然溃散。
刘秀借刀杀人除掉更始将领舞阳王李轶，详情见故事一。
朱鲔知道刘秀部队北征而河内空虚，分两路一路进攻温县，一路进攻平阴牵制冯异的部队。寇恂顶住大家的压力，马上集结军队前往温县援救，率军驱驰迎敌。交战时正好援兵赶到，于是大破敌军。朱鲔逃走。冯异和寇恂追到洛阳，绕城一周而还。从此洛阳全城震恐，白天也紧闭城门。
冯异、寇恂发送文书呈报战果，将领们进帐祝贺，乘机请刘秀称帝。刘秀开玩笑制止。贼军散入辽西、辽东，被乌桓、貊人抢掠击杀，几乎死尽。
刘秀收买人心的话，详情见故事二。
刘秀回到中山县，将领们再次请求他称帝，他再次拒绝。大军走到南平棘，将领们再次坚决恳请，他仍然不答应。将领们将要退出，耿纯进谏，纯的话非常诚恳殷切，刘秀十分感谢，刘秀说，我考虑考虑。
刘秀的军队走到鄗县，儒生强华从关中拿着《赤伏符》来晋见刘秀让他称帝。六月二十二日，刘秀在鄗县之南即皇帝位
邓禹率军包围安邑，经过几个月也未能攻下。更始大将军樊参攻打邓禹，被邓禹斩杀。王匡、成丹、刘均纠集十余万军队，再次一起攻打邓禹，邓禹交战不利。之后邓禹和王匡决战，大破敌军，斩杀了刘均以及河东太守杨宝，于是平定河东。王匡等逃回长安。
此时刘玄这边因为大军压境，前线又溃不成军，于是内乱，人心不齐详情见故事三。
赤眉军进抵华阴，打算拥立一位刘氏宗室，挟天子的名义诛杀讨伐，以此号令天下。之后拥立故式侯刘萌的儿子刘盆子。
七月。汉光武帝刘秀派使者持符节任命邓禹当大司徒。任命野王县令王梁为大司空。任命平狄将军孙咸吴汉代理大司马。
邓禹从汾阴渡过黄河，进入夏阳。更始朝派人继续抗拒邓禹，邓禹再次打败敌人，公乘歙等逃走。
刘氏宗室刘茂自称厌新将军，攻下颍川、汝南，部众达十余万人。刘秀部队攻打，刘茂前来投降，刘秀封他为中山王。
刘秀派心腹将领，防备荥阳以东的变化。另外派部队包围洛阳。八月，自己动身前往河阳。
长安被赤眉军攻破，刘玄被俘虏。初六刘秀下诏封刘玄为淮阳王。诏书说，无论官吏或百姓敢有杀害刘玄的，罪与大逆相同；有把刘玄送到官府的，封为侯爵。
宛城人卓茂为官宽和深受百姓爱戴，刘秀称帝后，刘秀首先寻访卓茂的下落。卓茂当时已七十余岁。九月十九日，刘秀下诏书：“名誉满天下，应当受最重的奖赏。现任命卓茂当太傅，封为褒德侯。”
刘秀的将领包围洛阳几个月不能克，刘秀指黄河为誓不计前嫌，礼遇朱鲔，洛阳军民投降。详情见故事四。（这一幕司马懿也干过）
刘秀派侍御史河内人杜诗安抚洛阳民心。将军萧广纵容部下为非作歹，被杜诗劝告不听，杜诗杀死萧广，刘秀赐给他官吏出行时作前导的棨戟，并提升官职。
十月十八日，刘秀进入洛阳，临幸南宫，于是定都。
此时，刘玄收到赤眉拥立的刘盆子的劝降诏书，于是刘玄投降，本要杀死刘玄，被刘恭救下，刘玄勉勉强强被封为长沙王。
刘盆子住在长乐宫，三辅各郡县和营寨的首领派使节进贡。兵士们每每在途中劫夺财物，又多次残暴地掠夺官民，官民因此全都又回到各自的营寨坚守。
三辅百姓不知应归附谁，听说邓禹军队，节节胜利，同时军纪严明，于是全部归顺邓禹的军队。邓禹所到之处，都停车竖起符节，慰劳归顺的百姓。父老儿童满满地围在邓禹车下，没有不感激喜悦的。于是邓禹的威名震动关西。
此时，各位将领豪杰劝邓禹直取长安，邓禹说，我们眼下人马虽多，但是能打仗的不多,而且物资粮草不足，而赤眉军得到长安钱粮充足，不能正面交锋，一群盗匪聚集在一起，没有长远的规划，会有变故，不能长期固守，我们应该北上安定三郡，充足钱粮，休养军队，等敌人有破绽再进取。于是引军北至栒邑，所到诸营保郡邑皆开门归附。
刘秀派岑彭攻打荆州一带的众贼军，攻下犨、叶等十余城。
梁王刘永在睢阳称帝。
三辅人民苦于赤眉军的暴虐，全都怜悯刘玄，想把他救出来，于是刘玄被人勒死。刘秀听说之后安置好刘玄。
隗嚣纠结部众在天水，自称西州上将军。
当初，平陵人窦融一家几代人曾在河西地区做官，之后窦融和刘玄的右大司马赵萌关系要好，窦融私下和他弟弟商量现在天下不安定，日后成败不好说，打算镇守一方，之后更始朝覆亡，窦融被推举为大将军，代理河西五郡大将军职务。边塞一带安定下来，人民安乐富足，另外训练兵马，学习射箭，点燃烽火。羌人和胡人进犯边塞每次都被痛打，于是羌、胡皆震服亲附。内地躲避战乱饥饿的百姓也络绎不绝地归顺窦融。
此时刘秀责备邓禹久久不攻打长安，详情见故事五。
公元26年
此时刘恭觉得赤眉军放纵不堪，难有作为，于是劝弟弟刘盆子交出玉玺绶带，退位，当时大家正在饮宴，刘盆子有理有据希望退位。大家也都认错，收敛了一段时间，不久又照旧大肆抢劫。
刁子都被他的部曲杀害，余党和其他贼寇在檀乡汇集，被称做檀乡贼。攻掠魏郡、清河。
刘秀征讨檀乡贼。檀乡贼被平定。
正月十七日刘秀把所有的功臣都封为侯爵。刘秀命郎中魏郡人冯勤主持分封，大家都很满意，将尚书众事都交给他负责。
长安城中粮食耗尽，赤眉将领们把搜来的金银财宝装上车，大举纵火焚烧宫室、街巷民宅，恣意烧杀掳掠，长安城中再也看不见行人。
赤眉于是领兵向西。从南山起，对所经过的城邑进行抢掠。随后进入安定、北地。邓禹率领军队向南到达长安，驻屯昆明池，拜谒祭祀高庙，收集西汉十一位皇帝的神位，送往洛阳。同时巡行陵园，安排官兵事奉守护。
真定王刘杨制造谶文，打算自立，被刘秀派将军耿纯过去诛杀。整个真定都处于震撼和恐怖之中，没有人敢有所举动。刘秀封刘杨的儿子刘德继任真定王。
大司空王梁多次违背刘秀的命令。刘秀派人把他抓起来逮捕送到洛阳，送到后刘秀赦免王梁，任命他为中郎将，到北方镇守箕关。
相亲小故事一则。详情见故事六
刘秀部下彭宠功勋卓著，但是不满意封赏，另外和幽州牧朱浮有嫌隙，于是不服刘秀，起兵叛乱。彭宠又因和耿况都有大功而封赏同样微薄，几次派人邀请引诱耿况。耿况不肯接受，将彭宠派去的人斩杀。
公孙述派将军任满从阆中下江州，于是占有全部益州地区。
更始朝在南方未投降的大将还有很多。刘秀激将让人出战。部下攻下郾城，顺路向东，更始朝淮阳太守暴汜投降。
四月，虎牙大将军盖延打败刘永，把刘永围困在睢阳。原更始朝将领苏茂叛变，杀淮阳太守潘蹇，占据广乐，向刘永称臣。
刘秀部将攻打宛城。宛王刘赐带着刘玄的妻子儿女到洛阳投降。刘秀封刘赐为慎侯。
邓王王常归降。刘秀非常高兴。
六月刘秀封贵人郭氏为皇后，以她生的儿子刘强为皇太子。
刘秀调解部下矛盾缓和了自己下属的分歧。详情见故事七。
八月，刘秀亲自统率众将领征讨五校军。二十六日大败五校军部众。另外派游击将军邓隆协助朱浮讨伐彭宠。结果邓隆的军队大败，朱浮因为距离远而不能相救。
盖延包围睢阳数月后，攻克睢阳。刘永被赶跑。于是盖延平定了沛、楚、临淮三郡。
刘秀派太中大夫伏隆持符节出使青州、徐州，招降刘永统治下的各郡、各封国。盗寇听说刘永已经失败，都请求归降。
吴汉夺取南阳各县，经过的地方，多有侵暴行为。破虏将军邓奉对吴汉抢劫他的乡里十分愤怒，于是叛变，击溃吴汉的军队，在南阳屯据，同各路贼寇联合起来。
陕县贼寇苏况攻破弘农。刘秀派部将攻打弘农、柏华、蛮中等地贼寇，把他们全部荡平。
赤眉军打算向西去陇地被隗嚣的部将击败。于是赤眉抵达阳城、番须地区，挖掘西汉的皇陵，掠取其中的财宝。并侮辱吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷攻打赤眉，反被赤眉打败。邓禹于是撤军，抵达云阳。赤眉又进入长安。
延岑驻扎在杜陵，赤眉将领逢安攻打延岑。邓禹趁机进攻袭击长安，被击败，邓禹逃跑。延岑攻击逢安，逢安大败，死十余万人。
廖湛率领十八万赤眉军进攻汉中王刘嘉。双方谷口交战，廖湛大败。刘秀派邓禹招降刘嘉。刘嘉妻子的哥哥新野人来歙，是刘秀姑姑的儿子，刘嘉依靠来歙的关系到邓禹的营垒归降。
十一月刘秀任命廷尉岑彭当征南大将军。任命王常为汉忠将军，讨伐邓奉、董訢。二人被剿灭。
铜马、青犊、尤来等贼军残部共同拥立孙登当皇帝。孙登的部将乐玄杀死孙登，率领部众五万多人投降刘秀。
邓禹自从冯愔叛变后，声望逐渐降低，再加上缺乏军粮，和赤眉军交战屡次不利，归附他的人逐渐离散。于是刘秀派冯异接替邓禹讨伐赤眉等贼军。嘱咐要他平息叛乱、安抚百姓。于是冯异西进，所经过的地方传播威望和信誉，很多盗贼投降。
刘秀任命伏隆当光禄大夫，又派他出使到张步处，任命张步当东莱太守，并同新任命的青州牧、太守、都尉一起东下。刘秀授权伏隆可以自行任命县令、县长及其以下的各级官员。
十二月三十日，刘秀发布诏令：凡被王莽新朝废除的刘氏皇族列侯，全都恢复原来的封国。
三辅地区发生了严重的饥荒，出现人吃人的现象。城郭全空，白骨遍野。生存下来的人往往聚在一起兴筑营寨自保，各自坚壁清野。赤眉军掳掠不到东西，于是领兵东归，部下不断逃散。刘秀派遣破奸将军侯进截断赤眉的归路，并对将领们说，贼寇冬逃，就率宜阳部队去与新安部队会师；往南逃，率新安部队去与宜阳部队会师。冯异和赤眉军在华阴遭遇，互相对抗二个月，赤眉军有五千人投降。
下面是故事七则摘自《资治通鉴·汉纪三十一》
故事一
冯异给更始将领舞阳王李轶写信，为他陈述利害，劝他归附刘秀。李轶知道长安已危，却因刘之死而心不自安，于是回信给冯异说：“我本来同刘秀最早合谋重建汉王朝。现在我守洛阳，你守孟津，全都据于战略要地。这是千载难逢的良机，你我二人同心，力可断金。请你转达萧王，我甘愿进献愚策，帮助他定国安民。”李轶自从和冯异互通书信之后，便不再同冯异交兵，因此冯异能够向北进攻天井关，攻取上党地区的两个城，又南下，攻取河南成皋以东的十三个县，收受降军十余万人。更始朝将领武勃率领一万余人攻打叛变者，冯异和武勃在士乡交战，大破武勃军，斩武勃。李轶紧闭城门，不予救助。冯异见劝降的书信奏效，一五一十地向刘秀禀报。刘秀回复冯异说：“李轶诡诈多端，一般人不知道他到底是怎么想的，现在把他给你的信转送给应当警备的各郡太守和都尉。”大家全都奇怪刘秀为什么要泄露李轶的书信。更始朝将领朱鲔听说了这件事，派人刺杀了李轶。这样一来，洛阳城中离心离德，有不少人投降。
故事二
都护将军贾复同五校的贼军在真定交战，贾复身负重伤。刘秀大惊，说：“我所以不让贾复率军独当一面，是因为他轻敌。果然如此，我丧失了一员名将！听说他妻子怀有身孕，如果生下女孩儿，将来我的儿子娶她为妻；如果生男孩儿，将来我的女儿嫁给他。不要让他为妻子儿女担忧。”贾复的伤势不久痊愈，在蓟县追上刘秀，两人见面非常高兴。
故事三
张卬同将领们商议：“赤眉军早晚就会到达，我们不久就会被消灭。不如抢掠了长安，向东逃回南阳。事情如果办不成，我们再到江湖中，重新做强盗！”于是一同晋见，说服刘玄。刘玄愤怒而不发一言，没有人敢再说话。刘玄命王匡、陈牧、成丹、赵萌驻屯新丰，命宰相李松屯兵城，以抗拒赤眉军。张卬、廖湛、胡殷、申屠建与隗嚣合谋，准备借立秋这一天杀牲祭宗庙的时候，共同劫持刘玄，实现先前的计划。刘玄得知后，称病不出门。他召张卬等进宫，准备全都斩首。当时只有隗嚣自称有病没有进宫，召集他的宾客王遵、周宗等率军士自守。刘玄犹疑不决。张卬、廖湛、胡殷怀疑有变化，于是冲出宫去。只有申屠建还留在宫中，刘玄斩杀了申屠建，命执金吾邓晔领兵包围隗嚣的宅第。张卬、廖湛、胡殷率兵烧毁宫门，杀入宫中，刘玄大败。隗嚣也突破包围，逃回天水。第二天早晨，刘玄出皇宫向东投奔在新丰屯兵的赵萌。刘玄又怀疑王匡、陈牧、成丹和张等是同谋，于是一块儿召见他们。陈牧、成丹先到，立刻被斩首。王匡恐惧，率军进入长安，与张等人会合。
故事四
刘秀的将领们包围洛阳达几个月，因朱鲔坚守而未能攻下。刘秀因为廷尉岑彭曾经当过朱鲔的校尉，所以派岑彭前去说服朱鲔。朱鲔在城上，岑彭在城下向朱鲔陈述利害得失。朱鲔说：“大司徒刘被害时，我曾经参与谋划，又曾劝更始不要派遣萧王北伐。我确知自己罪孽深重，不敢投降。”岑彭返回，把这些话向刘秀禀报。刘秀说：“做大事的人不计较小怨。朱鲔现在如果投降，可保全官职和爵位，怎么能够治罪呢？有黄河水在此作证，我决不食言！”岑彭又前去向朱鲔转告刘秀的话。朱鲔从城上垂下大绳子，说：“如果你说的确实是真的，请用绳子上城。”岑彭向前准备攀登，朱鲔看到他的诚意，就答应投降。之后，朱鲔把自己反绑起来，和岑彭一起到河阳。刘秀解下他身上捆绑的绳索，接见了他，又让岑彭连夜送他返回洛阳城。第二天早晨，朱鲔和苏茂等带领全体官兵出城投降。刘秀任命朱鲔为平狄将军，封扶沟侯。朱鲔后当少府，封爵世代相传。
故事五
刘秀因为关中还未平定，而邓禹久不发兵进攻长安，写信责备他说：“你作为大司徒，应是圣明的唐尧；亡命的贼寇，应是暴虐的夏桀。长安城的官民们担惊受怕，无依无靠，你应该抓住时机进军讨伐，坐镇抚慰长安，维系民心！”邓禹还是坚持以前自己的意见，另去攻打上郡各县，继而征兵运粮，返回大要。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆同守栒邑，二人因争权而互相攻打。冯愔于是杀了宗歆，并乘机反过来攻打邓禹。邓禹派人向刘秀报告。刘秀问使人：“冯愔最亲近的人是谁？”使人回答说：“是护军黄防。”刘秀估计冯、黄防两人不可能长久和睦，势必互相冲突，因此回答邓禹说：“逮捕冯愔的人，一定是黄防。”于是刘秀派遣尚书宗广持符节前往招降。过了一个多月，黄防果然抓获了冯愔，率领他的军队回来请罪。刘玄的几位将领王匡、胡殷、成丹等全都到宗广处投降。宗广和他们一同东归。走到安邑，王匡等半路上打算逃跑，宗广把他们全部处斩。冯愔叛变时，曾领兵向西攻打天水，隗嚣迎击，在高平打败冯，夺得全部辎重。于是邓禹代表皇帝派遣使者持符节任命隗嚣为西州大将军，能够全权处理凉州、朔方的事务。
故事六
刘秀的姐姐湖阳公主新近守寡，刘秀和她一块儿评论朝臣，暗中察看她的心意。公主说：“宋弘的威仪容貌，道德气度，群臣没有人能赶得上他。”刘秀说：“我正计划这件事。”不久宋弘被刘秀召见，刘秀事先让公主坐在屏风后，然后对宋弘说：“谚语说‘地位高了换朋友，财富多了换妻子’，这符合人情吧？”宋弘说：“我听说，贫贱时的朋友不能忘记；贫贱时的妻子不能分离。”刘秀回头对公主说：“事情办不成了！”
故事七
贾复南下，进攻召陵、新息，占领了两地。贾复的部将在颍川杀人，颍川太守寇恂将其捕获，囚禁狱中。当时新的秩序还在创建，军人触犯法律，大多互相包容，而寇恂将那个部将在街市上处死。贾复以此为耻辱，回来时经过颍川，对左右说：“我和寇恂同样都是将帅，而我却被他所欺侮。今天见到寇恂，我一定要亲手给他一剑！”寇恂知道贾复的打算，不想和他见面。寇恂姐姐的儿子谷崇说：“我是一名武将，能够佩带宝剑在旁边侍候。一旦有变化，足可以抵挡。”寇恂说：“不能这么做。从前蔺相如不畏惧秦王而受屈于廉颇，那是为了国家。”于是下令所属各县，预备丰盛的供应，储存含渣的酒浆。执金吾的军队进入颍川境内，每人全都是两份饮食。寇恂出城在道上迎接贾复，然后声称有病返回城内。贾复率军要追寇恂，而官兵们都喝醉了，于是只好过境而去。寇恂派谷崇到洛阳把情况向刘秀汇报，刘秀于是征召寇恂。寇恂到达洛阳，被引见刘秀。当时贾复已先在座，想起身回避。刘秀说：“天下还未安定，两虎怎么能私下相斗！今天我替你们调解。”于是两人并肩而坐，都非常高兴，随后乘一辆车出宫，结为好友而离去。
此纪讲述了刘秀一路东征西讨，而更始朝廷确实如之前预断的一样如昙花一现，赤眉军更是一群乌合之众，不过战斗力却不容小觑，非常厉害。另外讲了刘秀此人非凡的领导魅力。
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