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FSL/FreeSurfer安装教程

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鸸鹋先生
2018.04.02 21:12* 字数 982

本简易教程分两部分:一部分基于Ubuntu 操作系统,另一部分基于Mac OS X操作系统。

在Ubuntu下安装FSL/FreeSurfer

准备:

(1)装有Ubuntu 16.04 LTS操作系统的电脑一台。
(2)FSL独立安装包:
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-5.0.9-centos6_64.tar.gz
(3)FreeSurfer独立安装包:ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

安装:

第一步,启动Ubuntu终端,找到FSL/FreeSurfer安装包,解压到一个自己喜欢的路径。
确定一个喜欢的路径,比如/opt,改变一下该路径的权限:

yang@vbox:~$ sudo chmod -R 777 /opt

切换到安装包所在路径(比如,安装包在~/Downloads下),执行:

yang@vbox:~/Downloads$ tar -C /opt -zxvf fsl-5.0.9-centos6_64.tar.gz 
yang@vbox:~/Downloads$ tar -C /opt -zxvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz 

其中,第一行解压了FSL安装包,第二行解压了FreeSurfer安装包。

修改.bashrc文件,配置环境变量等。执行:

yang@vbox:/opt$ sudo nano ~/.bashrc

对于FSL,在打开的.bashrc文件中追加:

export FSLDIR=/opt/fsl
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh

对于FreeSurfer,在打开的.bashrc文件中追加:

export FREESURFER_HOME=/opt/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

保存改动到.bashrc文件,然后执行:

yang@vbox:/opt$ source ~/.bashrc

如此,配置的环境变量便生效了。

安装后处理

(1)解决fslview相关库加载错误问题:

错误1:

yang@vbox:/opt$ fslview
/opt/fsl/bin/fslview_bin: error while loading shared libraries: libmng.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

执行如下命令解决:

yang@vbox:/opt$ sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmng.so.2.0.2 /usr/lib/libmng.so.1

错误2:

yang@vbox:/opt$ fslview
/opt/fsl/bin/fslview_bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory

执行如下命令解决:

yang@vbox:/opt$ sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8 /usr/lib/libjpeg.so.62

如上述问题,一般是因为fslview需要老版本的库文件,使用ln命令做一个链接就好了。

(2) FSL使用过程中可能遇到的其他错误

FSL atlasquery QT库问题,可以在launchpad.net上搜索相关的deb包安装。懒人可以下载如下文件解决:
链接:https://pan.baidu.com/s/1uvZ8tVJUiYk_XU3UaTKtNw 密码:t6g4

跑FDT或其他的一些步骤报错,执行:

yang@vbox:~$ sudo dpkg-reconfigure dash

在出现的界面中选择no,回车即可。

(3)解决freeview启动时shell报错问题

yang@vbox:/opt$ freeview
bash: /opt/freesurfer/bin/freeview: /bin/tcsh: bad interpreter: No such file or directory

执行如下命令,安装tcsh解决:

yang@vbox:~$ sudo apt-get install tcsh

(4) 解决Freesurfer的license问题

可以在官网注册,并命名为license.txt文件,拷贝至FreeSurfer解压目录。比如,我的license已经注册并重命名,放在~/Downloads文件夹下。可以执行如下命令拷贝:

yang@vbox:~/Downloads$ sudo cp license.txt /opt/freesurfer/

在Mac OS X下安装FSL/FreeSurfer

准备

(1) 苹果电脑一台。
(2) FSL独立安装包:http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-5.0.9-macosx.tar.gz
(3) FreeSurfer独立安装包:ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Darwin-OSX-stable-pub-v6.0.0.dmg
(4) Xquartz软件包。可在www.xquartz.org网站下载。

安装

在Mac OS下需要多安装Xquartz的原因是,FSL等软件的原生程序是基于X Window图形库的,虽然Mac OS和Linux都是类Unix操作系统,但Mac OS依然需要安装X window图形库(即Xquartz)才可以运行FSL等软件。

苹果下FSL和FreeSurfer的安装要简单一些。FSL解压到一个路径即可,和Linux类似。FreeSurfer则直接双击dmg文件一路next即可。最后修改配置文件,与Linux略微不同,Mac OS下可以修改/etc/bashrc文件,把FSL和FreeSurfer的路径添加去即可。当然,不要忘了拷贝FreeSurfer的license文件。

最后,可以双击安装Xquartz,重启系统即可使用FSL和Freesurfer了。


注:以上安装教程仅针对独立安装包,现在最新版本的FSL可以通过运行官方提供的Python脚本来安装,不妨参考官网的安装教程。另,本教程仅做参考,由于个人操作问题造成数据丢失等损失,本人概不负责。
如自学FSL/FreeSurfer困难,不妨考虑[思影科技]的DTI/结构/任务态培训班:www.syfmri.com


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