转录组练习(2)

原文地址:https://www.jianshu.com/p/16f40be759c8

读文献下数据

在NCBI查文章:

AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034

找数据地址

image.png

去GSE网站,搜GSE81916

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下载代码

# 在终端运行#用axel下载会快一些 brew install axel(先安装axel)

for i in {56..62}

do

# 也可以用wget 下载

axel ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra

done

也可以用 wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra

参考文献:

http://www.biotrainee.com/thread-1908-1-1.html

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