思路为王-看大牛如何做大文章

一个明星想要爆红,需要团队来炒作。论文的发表其实也可以看成作者“炒作”的过程,有的人“炒作”自己的新颖的观点,有的人“炒作”自己的缜密的逻辑,有的人则是“炒作”一个概念,将这个概念辗转腾挪就会有新的发现,能够发多好的文章就要看故事怎么样了,也就是团队炒作的实力。

话不多说,今天这篇文章是最新发表在Nature上的一篇letter。

文章题目

文章的作者是一个大牛,名字叫做Axel Ullrich,大家注意这个人名字的发音,德国人的发音还是有所不同的。

作者介绍

看这个简介好像看不出来什么,他参与研发了靶向Her2的药物赫赛汀,开了五家公司,其中不乏被大公司收购,率先克隆出了EGFR,发现了PDGFR和VEGFR信号通路,2006年获得了华伦阿尔波特奖,这个奖主要奖励转化医学做出贡献的人,去年这个奖颁给了屠呦呦。

背景知识

1、FGFR4 基因在染色体的位置为5q35.1,长度为11.3kb,有18个外显子长度为71-600bp。本文中提到的非同义突变rs351855碱基转换的位置为1162位,为编码FGFR4蛋白第388个氨基酸密码子的第一个碱基,表现为C/T转换,密码子有GGG转化为AGG,在FGFR4蛋白合成过程中第388位氨基酸有甘氨酸(Gly)转变为精氨酸(Arg),其388位氨基酸位于RTK结构高度保守的跨膜区内。

图 1

2、文中涉及到的基因和蛋白。

(1)BiP/GRP78: endoplasmic reticulum chaperone. BiP/GRP78 is normally upregulated during improper folding of membrane proteins.

(2)Sulfo-tyrosine: tyrosine-sulfated proteins , Golgi specific marker.

(3)Tyrosylprotein Sulfotransferase 2(TPST2): is a member of the protein sulfotransferase family。 TPST2 is a widely expressed protein, which catalyzes the O-sulfation of tyrosine residues within acidic regions of proteins。 The TPST2 protein is a type II integral membrane protein located in the Golgi body。

文献导读

文章前提,FGFR4上rs351855突变在各种肿瘤中普遍存在,在肿瘤病患中占到接近50%,所以这个SNP是非常重要的,值得研究的。于是作者构建了这个突变的Knock-in小鼠。

C图告诉我们他们做成了这个小鼠,而且MEF细胞有表型,但是呢,FGFR4的表达没有变,与增殖相关的ERK信号通路也没有影响,看来存在其他通路影响细胞的增殖。于是乎,为了研究这些问题,作者开始了他的“炒作”。下面我们来讲第一张图。

图 1

作者拿WT小鼠的MEF细胞和突变小鼠的MEF细胞作比较,发现细胞表面的FGFR4表达降低,BiP/GRP78和 Sulfo-tyrosine表达升高,这说明FGFR4蛋白折叠出现了问题,FGFR4并没有形成跨膜,而是滞留在了内质网和高尔基体中。可见这个位点的重要性。

图 2

拿到这个数据以后,作者发现这个位点位于跨膜区域,Gly变成了带正电的Arg,会不会将R之后的氨基酸锁在外面了,于是作者运用了生物信息学,拓扑异构学等分析,得出了下图,突变成R以后,R之后的氨基酸序列就暴露出来进入了胞质,但这有什么意义呢?于是乎,作者要”炒作”的概念出来了,明星分子的docking site出来了---YXXQ/C。

3

这个位点是STAT3的结合位点,那么检测一下STAT3的磷酸化呗(在这提醒大家,并非所有的蛋白磷酸化形式都是蛋白的活化形式,比如糖原合酶)。

4
5

看STAT3的磷酸化的确增强了,虽然不是那么明显,虽然质量不是很好,但是人家还是发了Nature。后来,作者又做了STAT3启动子的双荧光检测,以及RNAi FGFR4之后看STAT3的磷酸化程度,是不是觉得又不是很明显,别往心里去,告诉你了这是赤裸裸地“炒作”。

6

第一张图我们看到了STAT3的磷酸化在突变的MEF细胞里增强,现在我们要看的第二张图就是二者是否有直接的结合,看蛋白相互作用的方法有很多,IP免疫共沉淀就是其中一种。

7

用pSTAT3的抗体去IP,转染了突变FGFR4质粒的细胞,FGFR4的确多了那么一些,好像能说明一些问题,但又好像没说到什么,请忽略图片的质量,我们只要关心概念的“炒作”。后面跟着的质谱图检测到了Y 磷酸化,这进一步加强了概念的可信度,因为STAT3对YXXQ的结合需要Y的磷酸化。知道放这些WB图和柱状图不能取信于你,于是作者用了更直接的方法,免疫荧光法。

8

作者构建了4个肽段,前面接了Biotin,后面跟着是跨膜的氨基酸,然后是YXXQ或者YXXR,MST1R作为Control出现,当YXXQ变成YXXR时,STAT3便不能结合到这个区域,不能完成下游的激活。

9

MST1R中,YXXR没有二者的共定位,YXXQ的在细胞膜和细胞核上都有共定位,同理FGFR4也是如此。WB检测可以看到tm.388R的STAT3的确高了,作者还检测到了EGFR,那是不是EGFR也有作用呢?

作者证明了388位点的变化,使得YXXQ的位点暴露出来,STAT3确实能够结合上去,那么STAT3的招募是不是高效呢?哪一种方式更高效呢?我的问题是这个图有没有必要做呢,咱们继续看第三个图。

10

作者改造了STAT3,在N端和C端分别添加了不同的序列。N1为豆蔻酰化序列,N2突变后丧失活性的豆蔻酰化序列,C1法尼基化序列,C2突变后丧失活性的法尼基化序列,C3棕榈酰化序列,这些序列的作用都是能够引导STAT3靠向近膜端。

11
12

检测STAT3磷酸化程度,N端的豆蔻酰化的提升最强,这时候作者把EGFR拉来了,说这种靶向作用是EGFR依赖性的,算是把第二张图的问题给解释了。作者又做了核、质、膜分离检测,核和膜的STAT3磷酸化都进一步的增强。

体外实验做到这了,得做点体内的实验了。

13
14

作者检测了不同器官中的STAT3磷酸化程度,突变小鼠的不出意外地提高了,组织内的FGFR4的表达也不出意外的一致。再看c,d两图,小鼠肺癌模型和乳腺癌模型,STAT3磷酸化程度都有所提高。e,f图Ki67+ 染色结果,突变小鼠的组织更加恶性。

到此为止,文章就算结束了,当然遗留下了很多问题。文章既然能发Nature自然有其理由,除了文章的作者是个大牛以外,无外乎炒作了STAT3 binding cite的这个概念,G-A突变造成了跨膜域的变化,YXXQ位点暴露出来,都是已知的东西,却只有作者辗转腾挪出来,最后发表了高分文章。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 151,829评论 1 331
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 64,603评论 1 273
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 101,846评论 0 226
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 42,600评论 0 191
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 50,780评论 3 272
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 39,695评论 1 192
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 31,136评论 2 293
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 29,862评论 0 182
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 33,453评论 0 229
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 29,942评论 2 233
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 31,347评论 1 242
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 27,790评论 2 236
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 32,293评论 3 221
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 25,839评论 0 8
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 26,448评论 0 181
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 34,564评论 2 249
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 34,623评论 2 249

推荐阅读更多精彩内容

  • 非常优秀的研究总结,值得学习领会和思考。因为字数太多,可以去作者的博文地址http://www.huangshuj...
    王诗翔阅读 4,084评论 1 24
  • 一、功能介绍 让当前线程( 调用sleep()方法的线程 )休息一会,即是让当前线程由运行状态进入到阻塞状态,进而...
    java部落阅读 3,470评论 0 0
  • 不知道 在什么 时候起 我们变的 愈来愈麻木 好像什么都知道 所以 对于什么 都变的无所谓, 以至于 我们的内心 ...
    没落的叶子阅读 212评论 0 0
  • 你对于我来说,是空气。 我赖以生存的,所有。 初冬的深夜,寒风阵阵。 AIR里却像是盛夏,挤满了慕名而来的热血喷张...
    小藤井阅读 422评论 1 0
  • 大男孩的“桥” “你儿子写过很多诗,但基本都是无题。只有这首诗加了标题。” “这是学校备战高考的命题作文。当时规定...
    王河阅读 486评论 0 2