Coronavirus GenBrowser 与eGPS v1.6

Coronavirus GenBrowser

大量的新冠数据如何分析？海量的数据无从下手？新检测的境外输入序列如何鉴定来源？让Coronavirus GenBrower来帮你！

历时近七个月，在四个单位的10余个专家、程序猿/媛的共同努力下，GenBrowser正式上线啦！GenBrowser不但建立了新的理论体系，还从无到有建立了完整的数据分析流程、数据可视化平台。基于新的理论框架，依托于中科院北京基因组研究所（国家生物信息中心）数据库，Coronavirus GenBrower可以帮助你完成新冠病毒基因组序列的分析和日常更新，监测病毒变异频率的变化，监测境外输入的病毒株系可能的来源。

软件下载链接：www.egps-software.net

（可免费下载单机版软件，和网络版war包)

中科院上海营养与健康所新冠病毒****genbrowser****：https://www.biosino.org/genbrowser

中科院北京基因组研究所（国家生物信息中心）新冠病毒****genbrowser****：https://bigd.big.ac.cn/genbrowser

中科院北京基因组研究所（国家生物信息中心）公共数据接口：https://bigd.big.ac.cn/ncov/apis/

（支持用手机浏览喔）-

以上为官方宣传，下面进入正题，Coronavirus GenBrowser可以做什么？

一、上万条新冠数据展示

依托于中科院北京基因组研究所（国家生物信息中心）数据库，Coronavirus GenBrowser将替你完成从数据下载→质量控制→序列比对→前处理→建树→极大似然分析的繁杂过程，将结果及数据直接展示在你面前。且随着新数据的增加，Coronavirus GenBrowser会自动帮你完成数据更新，展现最新数据的分析结果。

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下面是整体预览图：

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二、传播与演化推断

基于新的理论框架，实现了突变的鉴定和时间的推断，重现新冠病毒的传播过程，帮助梳理新冠病毒序列系统发生关系。你可以通过Coronavirus GenBrowser查看树上的每个节点的发生时间和突变信息。

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三、灵活的搜索与过滤功能

Coronavirus GenBrowser提供了搜索功能和多样的过滤功能，帮你快速筛选出你所关注的数据。搜索操作支持对样本名、突变、Accession number进行搜索且支持搜索过后的进行过滤操作。同时你也可以自己在树上点击选中节点，然后点击search处的过滤按钮进行过滤。

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除了搜索过滤，Coronavirus GenBrowser还提供了多样化的条件过滤，包括国家、性别、年龄、日期，都可根据需要进行自由组合，最终帮助你挑选出你所感兴趣的样本以便进行后续分析。

四、独有的追踪功能

为了帮助防疫防控，Coronavirus GenBrowser还提供了独有的谱系追踪功能，帮助追溯新测病毒株系可能的来源。只需导入新测基因组序列的fasta文件，Coronavirus GenBrowser就会在已有进化树中帮你追寻最为相近的病毒株（包括叶子节点和内节点）并标出其演化轨迹。Coronavirus GenBrowser不仅支持叶子的追踪（即已有样本）也支持内节点（即未被采样的祖先病毒株）的追踪。

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五、谱系分类与标记功能

Coronavirus GenBrowser提供了主要谱系分类体系的标记功能，包括S-D614G、L/S、A/B/C分类体系，通过在左侧控制面板进行点击选择就可快速获得样本对应的谱系分类类型。

除此之外，还可以通过选中节点后右击选择Annotation进行自定义的标记。

六、多样的树展示方式与美化功能

Coronavirus GenBrowser提供了丰富是树展示布局，除了常见的矩型、环型、倾斜型、无根树还提供了特有的螺旋型。可以根据需求选择合适的布局。

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同时还提供了多样的染色方式，支持根据国家/大洲、性别、年龄、日期的染色，此外还支持自定义的染色方式，帮助实现特定枝的高亮。你也可以通过右击节点选择Recolor进行这一操作，自定义染色文件也会自动进行同步。

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七、基因组浏览器

该板块提供了多条track，可以查看基因组结构、主要结构域、各位点突变频率、相似度曲线、序列联配以及常用引物序列。可以通过拖拽灰色选中框进行选择区域的调节，也可以使用左侧控制面板进行精确调节。还可以通过右击空白区进行track的显示/隐藏设置。

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八、高度的交互性与多样化工具

Coronavirus GenBrowser有着高度的交互性，提供了大量的右击菜单操作和详细的用户提示，帮助你更好观察和展示以及获取你所关心的数据。

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写在最后，同时上线的还有eGPS 1.6版，包括许多去年年底、今年年初完成，但是没有来得及发布的一些新功能。同样可通过www.egps-software.net下载免费软件。另外欢迎加入eGPS官方QQ群（550899355）参与讨论。

Coronavirus GenBrowser 与eGPS v1.6