数据结构
新手牢记：
（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中叫数据框
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
（8）数据类型：
1.向量（vector）👈重要
2.矩阵（Matrix）
3.数组（Array）
4.数据框（Data frame）👈重要
5.List
向量
(1)标量和向量的区分
- 元素指的是数字或者字符串（用chr表示，字符串在使用时必须加引号！！）等，根据它可以区分两个词：
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素有序排列组成的变量
（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。）
变量.png
使用时，一般都会直接给变量定义，也就是“赋值”，字面意思是赋予这个变量一个数值（其实也不一定是数值，还可以是字符串/数据框等等）。
- 代码示例：
x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号，“by=”可省略）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
此时x被赋值了4次，结果就是，第一次赋值被第二次的覆盖了，第二次的赋值又被第三次的覆盖了，以此类推，以最后一次为准。
-
补充：给变量赋值以后
1.在哪看变量：
image.png
2.怎么看变量：
image.png
(2)从向量中提取元素
1. 根据元素位置
（这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改）
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
2. 根据值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
注：“x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素”这里 好像是这个意思（
数据框
- 获得示例数据框
x<-read.csv('doudou.txt')
示例数据框
显示的NA表示空值，所以新建的时候空着就好
(1)读取本地数据
read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)
a<-read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)
View(a)
header=TRUE代表读入数据时将第一行作为列名（若是FALSE则相反，不使用文件中第一行作为列名），也可以简写问header=T(或是header=F)。不用指定sep参数，因为read.txt函数默认参数sep='\t'。
sep="\t" 表示以tab（制表符）为分隔符。
处理数据的第一步是把数据读入内存空间，平时最常用的文本数据储存格式有两种：一种是CSV（逗号分隔符文本）；另一种是TXT（Tab分隔符或空格分隔符）。有时候读这两种文件格式读入容易混淆。
(2)设置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
-
覆盖刚才的修改：用刚才的read.table命令重新赋值一遍就可以覆盖刚才改瞎的了。这也就是变量为什么叫"变"量。
覆盖修改 - 注意：大小写要严格区分，“x”和“X”不一样！
(3)数据框的导出
write.table(X,file = "and.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带双引号）
quote=F表示输出的char或factor不用""引住，即与默认不同；quote=T使用""，即默认格式。
(4)变量的保存与重新加载
这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?——学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令
(5)提取元素
这里的X是的刚才的变量名，实际应用要懂得替换。
X[x,y]#第x行第y列
X[x,]#第x行
X[,y]#第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b]#第a列到第b列
X[c(a,b)]#第a列和第b列
X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）
(6)【选修部分】直接使用数据框中的变量
- 提取某两列作散点图：（需要提示一下，这里的case和values是两个单纯的列名，没别的意思）
options(stringsAsFactors = T)
a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
plot(a$case,a$values)
这种方法的缺点：数据框名a在代码中重复出现，不符合高效的要求
- 高效的实现方法
- 方法一：attach
将数据框名添加到搜索环境中：attach(a)，作图时就只需输入列名(连$都不用了)。
attach(a)
plot(case,values)
做完后将a删除出搜索环境 detach(a)。
局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。
- 方法二：with
with函数使大括号{}之间的语句都只针对data执行，但如果大括号中只有一句的话，则省略大括号。
with(a,{
plot(case,values)
x<<-summary(values) #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
})
x #运行完后打印x
问题：
save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
回答：
应该是因为没有给X赋值或者是没区分大小写，给X赋值或者改成x应该就可以解决了。
