ORF与CDS

ORF：open reading frame（开放阅读框）

ORF定义1：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，并且包含起始密码子和1个终止密码子（start/stop）。

定义2：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，以终止密码子为头尾（stop/stop）。

定义3：一个ORF是指一段被受体和供体的剪切位点所分隔的序列。

ORF与基因的关系

ORF是完整基因序列的一部分，一个完整基因包括ORF序列以及非编码序列。ORF可作为一个潜在蛋白质编码基因的指示器，但是预测的ORF并不一定是基因。例如，一个典型的细菌基因组中已注释基因的数目远低于ORFs数目，前者约103至104，而后者可达到104至105。很好理解，毕竟ORFs的数目只是统计的潜在的编码基因数目，stop  codon与stop codon所包含的区域并不一定能对应已知基因，因此ORFs相较于已知注释基因会更多。

CDS：coding sequences （编码区）

CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列，且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列，不考虑mRNA加工等过程中的序列变化，总之，就是与蛋白质的密码子完全对应。

启动子&起始密码子

启动子：活化RNA聚合酶。

起始密码子：作为多肽链合成的起始信号，同时编码一种氨基酸；既编码甲硫氨酸，又作为多肽链合成的起始信号。

原理差异：

1、启动子：含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游，启动子本身不被转录。

2、起始密码子：起始密码子结合到一个与甲硫氨酸一tRNA相同的3’UAC5’反密码子的甲酰甲硫氨酸一tRNA上．也就是说，甲硫氨酸一tRNA和甲酰甲硫氨酸一tRNA都是由AUG编码．但是起始氨基酸的信号要比所有其他氨基酸的信号复杂得多。

终止子&终止密码子

终止子：转录过程中能够终止RNA聚合酶转录的DNA序列。使RNA合成终止。

终止密码子：蛋白质翻译过程中终止肽链合成的信使核糖核酸(mRNA)的三联体碱基序列。一般情况下为UAA、UAG和UGA，它们不编码氨基酸。

原理差异：

1、终止子为结构基因非编码区的DNA序列，分别位于编码区的上游河下游，终止密码子位于信使核糖核酸分子中。

2、终止密码子长度只含三个碱基，终止子长度远不止三个碱基。

3、终止子与基因的转录过程相关联，终止密码子与mRNA的转译过程相关联。

转录因子

转录因子：一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子，这些蛋白质能调控其基因的转录。调控方法是转录因子可以调控核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶，或叫RNA合成酶）与DNA模板的结合。

UTR（Untranslated Regions，非翻译区）

UTR：是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。

5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子。3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的前端。

周佳玉 | 文案

封面及文中配图源于网络 侵删