影像组学学习笔记(21)-影像组学常用软件推荐

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频
本节(21)主要介绍: 压箱底的好用软件推荐
[注]:李博士主要从事脑神经领域的研究,所以部分软件具有专业性。

dicom到nifti的格式转换:
AFNI (https://afni.nimh.nih.gov/)
dcm2niix_afni

影像预处理:
TORTOISE(https://tortoise.nibib.nih.gov/) ,并结合AFNI
3dresample: 对结构像插值
3dAFNItoNIFTI: 格式转换
ImportNIFTI: 导入DTI影像
DIFFPREP: 扭曲和运动校正
TORTOISEBmatrixToFSLBVecs: 生成bval, bvec 文件

配准:
ants (https://stnava.github.io/ANTs/)
antsRegistrationSyNQuick.sh 配准
antsApplyTransform 转换

ADC, FA 等参数图计算:
MRtrix3 (https://mrtrix.readthedocs.io/)
mrconvert: nii 到mif 的格式转换
dwi2tensor, dwi2mask, tensor2metric

影像矩阵的数值计算、变换等:fsl
fsl, fslmaths, fslswapdim, 等

纤维追踪
MRtrix3 (https://mrtrix.readthedocs.io/)

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