哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
- 5.miRSponge
miRSponge简介
a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs.
miRNA的失调表达可导致破坏增殖，分化和凋亡。新出现的证据表明，miRNA本身受含有miRNA结合位点的内源性分子的调节，例如假基因，长非编码RNA和环状RNA。这些竞争性抑制剂被称为'miRNA海绵'，可以竞争性地隔离miRNA，阻止它们与其天然靶标相互作用。内源性miRNA海绵和靶标或竞争性内源性RNA（ceRNA）动态地起作用以平衡彼此的表达。这种平衡对于各种生理过程很重要，并且破坏可导致病理状态。统计：经过实验验证的miRSponge数据库（miRSponge）记录了来自近1000篇文章的手工整理后的11个物种中的576个sponge-miRNA互作和457个ceRNA关联。海绵类包括内源性生成的分子，如编码基因、假基因、长非编码RNA和环状RNA，以及外源性引入的分子，如病毒RNA和人工工程海绵(such as viral RNAs and artificial engineered sponges)。
大约70％的相互作用是在疾病状态下通过实验确定的。 每个条目包含 detailed information on sponges, miRNAs and competing targets, species, miRBase accession, HGNC and GeneCards annotation, tissue distribution, conditions for detection, corresponding literature, PMIDs, a brief description of the sponge-miRNA interaction, and the experimental method。miRSponge提供用户友好的界面，方便浏览，检索和下载。 此外，miRSponge还提供了新验证的miRNA-sponges和ceRNA关联数据的提交页面。
总之，miRSponge数据库可以显着提高我们对不同RNA类别之间转录组通信的理解，并为miRNA研究和临床应用提供及时和有价值的资源。
mirSponge
- 6.Co-LncRNA
Co-LncRNA简介:
基于人类RNA-Seq数据，研究lncRNA在GO注释和KEGG通路中的组合效应.（investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.）
Co-LncRNA，这是一种基于Web的计算工具，allows用户识别可能受单个或多个lncRNA共表达的蛋白质编码基因（CEG）影响的GO注释和KEGG通路。目前发布的Co-LncRNA包括涉及28个人组织/细胞系的高通量RNA测序数据，包括来自241个数据集的6,560个个体（29,012个样品）。基于RNA-Seq数据集的重利用，我们分析了这些RNA-Seq数据以鉴定lncRNA CEG。值得注意的是, Co-LncRNA performs an enrichment analysis of individual/multiple lncRNA(s) CEGs to all known GO annotations and KEGG pathways in individual datset。此外，还开发了一个灵活的查询引擎，通过对多个数据集的同时分析来生成高置信度输出。此外，用户可以上传自己的数据，以分析特定背景下的lncRNA组合效应。Co-LncRNA是公开的，允许用户通过不同的搜索标准查询lncRNAs组合效应。该系统提供基于网络的应用程序，用于分析GO注释和KEGG通路中的lncRNA组合效应，这有助于通过lncRNA探索人类复杂的调节。
Co-LncRNA
网站的help部分包含了下方信息：(对网站使用进行了详细的描述)
help.png相关文献
Co-LncRNA: investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.
其他资料：
Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库
- 7.FACER
FACER简介
表观遗传染色质调节剂的分子和功能的综合表征（comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators）
FACER (Functional Atlas of Chromatin Epigenetic Regulators) FACER 提供搜索和下载640个功能CRs（33种癌症类型）的基本信息和多组学特征。
FACER
help部分也提供了详细的使用帮助。
help-
相关文献
补充:FACER简介部分我写的内容比较少你可以访问获取更详细的FACER的描述文章解读 |FACER：表观遗传染色质调节因子的综合分子和功能表征
