比较
兼容性
css3
兼容性不好，IE10才开始支持。
js
兼容性好，甚至可以兼容IE6。
性能
css3
在性能上会稍微好一些，浏览器会对CSS3的动画做一些优化（新建图层来跑动画）。
移动端的开发也有这种hack，开启硬件加速，来解决可能的卡顿问题：
css-webkit-transform: translate3d(0, 0, 0);
js
在现代浏览器中性能的差异可以忽略，但是对于帧速表现不好的低版本浏览器，CSS3可以做到自然降级，而JS则需要撰写额外代码。
复杂度
css3
代码相对简单,但是也意味着在动画的控制上不够灵活。部分动画效果不能实现。CSS动画有天然事件支持（TransitionEnd、AnimationEnd）。
js
代码复杂，需要自己写事件，通常需要引入库来减少工作量。粒度控制很细，可以单帧的控制、变换，写出复杂的动画。
结论
在有兼容性要求或者有复杂控制的动画的情况下可以使用js动画，其他情况就使用css3动画。
