DNA甲基化测序数据处理(三):Circos的安装与测试(Windows篇)

前言,傻瓜式全程记录

Circos是数据展示的一个极佳方式。是每一个男人都应该学会的必备技能!
在按照别人教程学习的时候,记录下所有操作,以飨众人。
如果按照我这个教程都搞不定的话,还是建议先别看别人的高阶教程了。

Circos安装及测试

首先,下载Circos安装包官网

安装包

标黄的为最新版本的circos。

最下面也还有一个简单的tutorials,为Linux版本的tutorial,包含了很多种类型的数据配置示例,共有十个示例,有兴趣的不妨了解一波。

Windows下移动到某个自定义文件夹下解压压缩文件即可,接下来就可以通过PowerShell进行测试,验证是否可以作图。

# 进入对应的解压文件夹下
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6> cd .\example\
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\example> ls
    目录: D:\Software\circos\circos-0.69-6\example
Mode                LastWriteTime         Length Name
----                -------------         ------ ----
d-----        2018/6/20     13:32                data
d-----        2018/6/20     13:32                etc
-a----        2017/6/17      7:36        3693061 circos.png
-a----        2017/6/17      7:37         258048 circos.svg
-a----         2017/6/4      9:05           1476 README
-a----         2017/6/4      9:05            202 run
-a----         2017/6/4      9:05          37130 run.out

# 测试作图
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\example> ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf

# 会出现一大串状态信息,这里显示最后一行信息
debuggroup summary,timer 34.17s image took more than 30 s to generate. Component timings are shown above. To always show them, use -debug_group timer. To adjust the time cutoff, change debug_auto_timer_report in etc/housekeeping.conf.

Example plot

Perl模块的安装

这里我看了教程[1]选择使用Strawberry Perl

日常安装

随后打开perl command line进行模块安装


Perl command line
# 在命令行下输入以下代码
cpan Carp Clone Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRes

静静的等待安装结束, 随后使用PS(以下都使用此代替power shell)检查所需模块是否都已经安装成功。

PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\bin> ./circos -module
ok       1.23 Carp
ok       0.31 Clone
ok       2.60 Config::General
ok       3.36 Cwd
ok      2.131 Data::Dumper
ok       2.51 Digest::MD5
ok       2.82 File::Basename
ok       3.33 File::Spec::Functions
ok       0.22 File::Temp
ok       1.50 FindBin
ok       0.39 Font::TTF::Font
ok       2.46 GD
ok        0.2 GD::Polyline
ok       2.38 Getopt::Long
ok       1.15 IO::File
ok       0.33 List::MoreUtils
ok       1.23 List::Util
ok       0.01 Math::Bezier
ok      1.997 Math::BigFloat
ok       0.06 Math::Round
ok       0.08 Math::VecStat
ok       1.02 Memoize
ok       1.24 POSIX
ok       1.05 Params::Validate
ok       1.36 Pod::Usage
ok       1.03 Readonly
ok 2013031301 Regexp::Common
ok       2.50 SVG
ok       1.19 Set::IntSpan
ok     1.6611 Statistics::Basic
ok       2.30 Storable
ok       1.16 Sys::Hostname
ok       2.02 Text::Balanced
ok       0.59 Text::Format
ok     1.9724 Time::HiRes
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\bin>

此步操作没有问题,接下来就是愉快的作图时光!

Linux下安装Circos

老规矩还是anaconda

conda install -c bioconda circos 

  1. 最美不过遇见你_8090

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