Viroblast & Sequenceserver

利用云服务搭建blast服务

# 安装必要的软件
sudo apt-get ncbi-blast+ apache2 libapache2-mod-php php php-gd
# 下载 viroblast
wget http://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/download.php?ID=viroblast.tar.gz
#3 解压后移动到apache www/html目录下
$ mv viroblast /var/www/html/
#4 修改配置文件/var/www/html/viroblast/viroblast.ini
blast+: /usr/bin
blastn: test_na_db => Nucleotide test database
blastp: test_aa_db => Protein test database , .* => Tair10  ##逗号分隔多个数据库,右为网页端展示的名称)
blastx: test_aa_db => Protein test database
tblastn: test_na_db => Nucleotide test database
tblastx: test_na_db => Nucleotide test database
#5 blastdb 默认在/var/www/html/viroblast/db目录下
$ makeblastdb -in *.fasta -out .* -dbtype prot/nucl
#6 登录 ip/viroblast/viroblast.php 即可使用
*ip*/viroblast/viroblast.php

使用Apache2 rewrite 重定向主页

#1 需要在apache2   /etc/apache2/sites-available/目录下修改000-default.conf
sudo vim /etc/apache2/sites-available/000-default.conf
#2 在</VirtualHost>前添加
1 RewriteEngine on
2    RewriteCond  %{REQUEST_URI} ^/$
3   RewriteRule  (.*) *ip*/viroblast/ [L,R=301]
#3 启动rewrite功能并重启apache2
sudo a2enmod rewrite
sudo service apache2 restart

sequenceserver

界面更为美观的blast网页应用

#1 安装必须ruby基础包
sudo apt-get install ruby gem ruby-dev       
#2 使用gem安装sequenceserver
sudo gem install sequenceserver 
#3 运行sequenceserver 
scp /dbindex usr@ip:/home/db
sequenceserver -m -d /db (#-m makeblastdb -d db目录)
#4 如果有外网ip即可通过ip:4567 访问
*ip*:4567
#5 与apache关联(需要使用Passenger)
迷迷迷迷迷中,待更新。。。。貌似不配之apache也能用

使用 apache2设置访问密码

# 安装需要的包
sudo apt-get install apache2-utils
# 创建根用户名和密码
sudo htpasswd -c /etc/apache2/.htpasswd USRNAME
# 创建guest用户名和密码
sudo htpasswd /etc/apache2/.htpasswd another_user
# 查看添加的用户信息(备忘)
cat /etc/apache2/.htpasswd
# 修改apache2 000-default.conf文件
sudo vim /etc/apache2/sites-enabled/000-default.conf
#  如下:
<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin webmaster@localhost
    DocumentRoot /var/www/html
    ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
    CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
    <Directory "/var/www/html">   ###这里可以设置需要密码登录的根目录位置!
        AuthType Basic
        AuthName "Restricted Content"
        AuthUserFile /etc/apache2/.htpasswd
        Require valid-user
    </Directory>
</VirtualHost>
sudo service apache2 restart

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