R和RStudio-Server安装教程(3)

在安装好WSL2(Ubuntu)系统和Xshel成功连接后,接下来就是R和RStudio-Server的简易安装教程。R是常用的数据处理和绘图软件,有丰富的函数包。RStudio-Server是R最常用的集成开发环境(IDE,Integrated Development Environment ),RStudio-Server相对于RStudio来说,用于页面登录,有着一定的安全性和便捷性,也是Ubuntu系统常用的R软件。

1.安装R

直接在Ubuntu环境下安装,先不讲conda环境下的安装。常见的安装方式就是官网上搜索如下安装途径和命令。

r官网:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

命令如图1所示

图1 R4.0版本的安装命令

按照此命令安装的话,会提醒没有deb命令,那就使用下面这条安装命令

sudo add-apt-repository 'deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

而常见的安装r的命令是:sudo apt-get install r-base,此命令安装的r为Ubuntu最稳定的r版本,3.6版本,后面还需要升级,所以直接安装4.0版本即可

2.安装R系统和环境

接着上面一条命令后,继续输入

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-base-dev

最后R相关环境镜像设置,输入

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

3.RStudio-Server安装

3.1官网查找自己所需要的版本和所对应的系统

官网:https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/ 选择Ubuntu

图2 系统选择

3.2Install for Debian 10 / Ubuntu 18 / Ubuntu 20

根据自己安装的Ubuntu系统,选择合适的安装版本,此处选择Ubuntu 20,在Xshell或者Ubuntu界面中输入下面命令进行安装,rstudio-server下载过程中速度会比较慢。

sudo apt-getinstallgdebi-corewget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.4.1103-amd64.debsudo gdebi rstudio-server-1.4.1103-amd64.deb

安装结束后,打开网页,输入localhost:8787(RStudio-Server默认端口为8787),如果是服务器那就输入IP:8787即可,进入如下图登录界面。

图3 RStudio Server登录界面

账户和密码就是Ubuntu设置的账户 密码。

4.R包安装

因为Ubuntu系统就像一张白纸一样,缺少各种所需的环境和包,所以在安装R包过程中会遇到各种问题,刚开始最常见的错误就是如下

ERROR: configuration failed for package ‘xml2’

ERROR: configuration failed for package ‘openssl’ 等等

这时候就需要在Ubuntu中添加环境命令

sudo apt install --fix-missing libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libgdal-dev libssl-dev libglu1-mesa-dev libmagick++-dev libudunits2-dev

sudo apt update && sudo apt upgrade -y

安装完成后输入一下命令进行验证

sudo apt install -y libcurl4-gnutls-dev

sudo apt install -y libxml2-dev

sudo apt install -y openssl

sudo apt install -y libssl-dev

上述的命令都是在Ubuntu系统中进行的,不是在R语言中,此后进行R包安装,成功后就会出现如下提醒DONE(packages)

上面是R中的tidyverse包安装成功的提醒,后面再详细讲关于镜像的设定,R包的管理和Rstudio-Server。为了大家方便看可以关注微信公众号 小乔爱科研,会同步更新,谢谢大家。

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