企业组织结构理论的形成，应追溯到18世纪末英国古典经济学家亚当.斯密的分工理论开始，提倡以高度分工来提高劳动生产率。发展至今，总分为两个阶段：第一阶段为18世纪末至本世纪八十年代，为垂直组织结构阶段；第二阶段为本世纪九十年低至今，为扁平化组织结构阶段。
垂直的组织结构形式为层级结构形式，高、中、低层管理组成金字塔式的垂直管理结构。从组织的最高管理层到最低管理层，按垂直系统建立起的统一指挥系统。这种组织结构是最简单最基础的组织结构形式。一个下属只服从一个上级的指挥，一个下属只向一个上级汇报工作，这是符合法约尔统一指挥管理原则的。随着企业规模的扩大，此种结构的管理思路是增加管理层次来实现有效的管理。但是管理层次增加，意味着管理链条越拉越长，造成信息传递越来越久，且由于此种结构的横向沟通缺乏，导致企业的信息无法有效传递。最终的结果是管理结构臃肿，无法实现有效管理。
自本世纪九十年代开始，企业组织结构理论出现更为先进的观点，企业组织理论结构强调简化，减少管理层次，号召组织结构扁平化。因为垂直沟通形式是逐级传递，难以对市场需求的快速变化作出迅速反应。对于现在激烈的市场竞争和快速变化的环境，垂直型组织结构显然无法胜任。所谓扁平化，就是改变原来企业组织自上而下的垂直高耸的结构形式，减少管理的层次，增加管理的幅度，使组织结构沟通更敏捷、灵活，从而适应竞争激烈、变化快速的市场环境。
扁平化组织的设计以核心工作流程为中心来设计而非以部门职能来设计，设计出来的组织能有效的实现组织的目标。在设计时，让管理的幅度增大，这样可以使企业指挥链最短，实现快速应对市场的变化。同时，设计时把企业更多的资源和权力下放于基层，这样能最有效的实现以顾客需求为驱动展开工作，因为基层最接近顾客。在将企业资源和权力下放于基层时，实行目标管理，员工在权力范围内可充分的利用企业资源，自主作出自己工作中的决策，并为之负责。这样，可以让员工积极的为实现组织目标而拼搏，成为企业的主人。完成目标后，最终能满足员工个人自我实现的需求。
但总的来说，选择哪种组织结构类型，还应根据企业的具体情况来选择。企业规模小、产品品种数少、市场环境比较稳定的情况，建议选择垂直型组织结构；企业规模大、产品品种数多、市场环境变化快的情况，建议选择扁平型组织结构。
