YXF-biostar第一周作业

总结能力不太强,改了一遍又一遍最后决定按照题目一个个来:

1. 生物信息一般做哪些事情

答案是我百度来的:测序与序列对比,蛋白质结构对比与预测,基因识别。对于这些术语

我理解表面意思,但是具体如何操作还不清楚

2. 从业者要掌握哪些技能

首先,数据分析是很重要的,如果不会数据分析就算得到了结果也没用。

然后应该是基本的程序语言,比如R,petrl,python等等,然后开始学习lunix的操作

最后我认为比较重要的一点是可以静下心来仔仔细细的分析程序运行中出现的error,我

一向看见error就放弃,换个包来试试或者晾几天再说。

3. 电脑的配置要求

电脑的配置不是很懂,只要安装ubuntu的时候可以有至少10G的内存留给ubuntu和conda

就可以了。

4. 如何部署工作环境

对于系统的安装我想我没有发言权因为全程都是学长帮我装的。不过我在安装的时候遇到

一个问题,我的电脑是64位的,但是在装好virtual box再装操作系统的时候只有32位的

可以选。最后学长关机再开机,在开机过程中按了F几个键,然后就有32位和64位一起选了。

开始的时候我们没有注意磁盘大小,然后再下载fastq数据的时候发现系统没有位置存放

数据了,所以就重新安装在内存最大的磁盘了,我装在了D盘。其他的安装conda没有什么

问题,比较顺利。

5. 如何保证分析结果可重复

第三章的数据重复我没有得到什么重要的信息,从群里的讨论来看,写一下我的见解。

就以最近学的R为例,每一个R包的使用都有相关文献来展示代码和数据,好的文献就是

直接copy你的代码和数据可以得到一模一样的结果,我认为结果有一点差异都不算好的文献。

第二个,根据代码带入任何数据都可以运行并得到结果。我有很多次直接搬文献的方法来

却得不到任何结果还百思不得其解,总以为我自己出了什么问题。

6. 如何解决遇到的问题

Doctor看起来是个不错的帮手。毕竟书上说 If any one of our

instructions causes an error, your first choice will be to see what the

doctor says.

But 我在安装Doctor的时候就这个的时候就出现问题了。

mkdir -p ~/bin

curl http://data.biostarhandbook.com/install/doctor.py > ~/bin/doctor.py

chmod +x ~/bin/doctor.py

代码很简单,但是第二步就运行不了了。

第一个提示:/home/yxf/bin/doctor.py: No such files

但是我明明mkdir了啊,再运行一遍,

第二个提示:bash: /bin/doctor.py: Permission denied

算了,不装了。遇到问题去google

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