一个男子拖着血迹，摇晃着走到了日本桥端的麒麟雕塑下，身上插着一把刀坐在地上慢慢死去。而另一边，揣着被害人钱包的年轻男子为了逃避警察，逃跑的路上被车撞伤了，被送到医院后昏迷不醒。警方着手调查被害人和年轻男子的社会背景。被害人是一家生产企业的部长，家里有妻子和一双儿女。而男子和女友是从乡下来到东京讨生活，前一段时间因为工伤在出租房休息，所在厂子担心安全设施不到位的问题会被曝光，便将其辞退了。恰好，这家工厂隶属于被害人所在的企业。媒体在得知这些信息后，不免产生这样的猜测，年轻男子为拮据的生活所迫，又加上女友怀孕，自己被无良企业辞退，所以产生的怨恨使得他拿刀捅向了被害人。正当媒体掀起了舆论的时候，年轻男子在医院死去了。由于他身上有被害人的钱包，还具有谋杀的动机，警方打算就此结案。但警官加贺始终对凶器的来源不明不能释怀，依然继续调查。另外，被害人的家人正感到费解，明明自己是受害者，却还要受到公众的歧视。被害人的儿子面对这一境况时，原本就与父亲不睦的他，更加对父亲产生了鄙夷。
加贺开始调查被害人最近这些日子的行踪，发现被害人经常折纸鹤供奉在一些神庙里，这些神庙往往是求水中平安的，加贺不免想到被害人的儿子曾在初中的时候加入过游泳社，后来却退出了。而在被害人遇害几天前，曾接到儿子最要好的游泳老师的电话。加贺与老师的交谈中发现，老师在掩饰着什么。后来，加贺察觉到，在得知父亲是走到麒麟雕塑下后才断气的被害人儿子突然对父亲的态度发生了完全的转变。经过调查，加贺发现几年前，被害人儿子所在的游泳社曾发生了一起意外。想要为第二天比赛做准备的二年级学生晚上偷偷进入学校，自己在游泳池进行训练，却溺水了。虽然这名学生保住了性命，却对脑部造成了损伤，变成了植物人。这名学生的父母带着儿子搬离了这里，然后母亲在家里悉心照顾儿子，并以“麒麟之翼”的网名在博客上记录照料儿子的点点滴滴。她告诉加贺曾经有一名网友总是热心地询问她儿子的状况，但前一段时间突然再也联系不上了。然后这样一个真相渐渐地浮出了水面，几年前的一个晚上，三年级被害人儿子与两个同级的同伴以及一个二年级的学弟晚上偷偷进入了学校进行训练，然而由于他们的疏忽，导致学弟溺水。第一个赶到现场的游泳社老师，为了把事情变小，要大家统一口径，说是二年级的学生自己进入学校的。良心不安的被害人儿子默默地为学弟祈祷，并与学习的母亲交流。后来，他在网上的作为被父亲发现了，他羞怒之下删除了账号，并不想再跟父亲说话。然而他无论如何没有想到，自己的父亲接替了自己为学弟到处祈福，并为了传达自己对儿子的心意，死前挣扎着走到了麒麟雕塑的下面。被害人为了让儿子赎罪，想要儿子和其他的伙伴去自首。他先约谈了儿子最好的一名朋友，却被这名惊恐的少年拿刀刺死......
