miniconda安装

conda

conda与anaconda、miniconda的区别:

  • Conda是一个包管理器;Anaconda是一个发行包
    conda可以理解为一个工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理。包管理与pip的使用类似,环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换
  • Anaconda是一个打包的集合器皿,里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等,所以也称为Python的一种发行版。也可以理解:conda是包的管理,可以安装包(conda install samtools),删除环境(),查找等用法。
  • 其实还有Miniconda,顾名思义,它只包含最基本的内容——python与conda,以及相关的必须依赖项,对于空间要求严格的用户,Miniconda是一种选择

miniconda下载

  1. 百度搜索conda 清华
  2. 进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua...
  3. 找到"Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。
    "
  4. 下载linux对应版本(服务器提前登录):
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
miniconda不同版本_2019.1.4截图
  1. 安装
# 第一步下载
# miniconda安装
# wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh

# 第二步安装
bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh  # uname -a
# 按enter--三下空格--输入yes--按enter--输入yes
source ~/.bashrc
# 激活配置

# 第三步:配置镜像
# 配置镜像(安装一次,镜像也只配置一次,注意不要复制错误!!!)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
# 执行完上述命令后,会生成~/.condarc

# 第四步:创建小环境并安装软件
# 创建名为rna的软件安装环境,同时安装python=2版本的软件
conda create -n rna python=2
# 出现三个done

# 查看当前conda环境
# 可以看到成功建立的rna
conda info --envs

# 激活/进入conda的rna环境,避免安装软件时安装到大环境
source activate rna
# 小环境创建成功,可以随便安装软件到小环境里啦

# 尝试
# 安装 sra-tools软件
conda search sra-tools  
conda install -y sra-tools  # done正确安装,且能调出软件help
......
source deactivate # 退出当前环境

conda安装镜像搜索软件:

https://bioconda.github.io/recipes.html

conda命令集合

# 查看环境名:
conda info --envs 或conda info -e
# 查看已安装软件列表:
conda list
# 退出环境:
source deactivate
# 更新:
conda update python 
# (conda将python等软件都视为package)
# 假设当前环境是python 3.4, conda会将python升级为3.4.x系列的当前最新版本

# 删除全部packages
conda remove --name/-n wes --all
# 删除某个packages
source activate wes
conda remove multiqc
# 或直接指明name
conda remove -n wes numpy

帮助文档

conda命令的pdf:https://link.jianshu.com/?t=http://conda.pydata.org/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf