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生物信息学
54篇文章 · 55932字 · 25人关注
  • 正选择分析

    正选择分析 正选择分析总的来说包括三步： 数据准备将单个基因的CDS或所有比对好的CDS进行合并在一起做进化树并导出其树文件； 模型检测使用软件...

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  • snv过滤

    Errors are known to accumulate in and around homopolymers, inverted repe...

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  • pileup 格式

    Pileup format is first used by Tony Cox and Zemin Ning at the Sanger Ins...

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  • Resize,w 360,h 240
    circos使用笔记

    circos是用来展示数据的绘图工具，其数据展示方式主要通过配置文件来决定。不同的展示方式可通过不同的配置文件来进行设置，如染色体整体展示，添加...

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  • Resize,w 360,h 240
    VCF文件INFO列的一些信息意义

    转自：GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） QualByDepth（QD） QD是变异质量值（Quality）除以覆盖深度（Depth）得...

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  • snv检测工具：fuwa —— using decision tree

    fuwa是一个进行snv/indel检测的工具，采用的是决策树（CART）算法。这里仅仅观察文中用来作为分类的特征值。 文中选择了12个特征来进...

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    CNV变异检测文献笔记（CODEX）

    Biases in CNV detection: GC content exon capture and amplification effic...

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  • 不同版本坐标转换工具CrossMap

    人类参考基因组有多个版本，在分析中，我们可能会用到不同的版本，抑或有事我们得到的bed、bam或者vcf文件并非我们想要的参考基因组的，这时便可...

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  • AD，AR，XD，XR四类遗传病的特点

    常染色体显性遗传病（AD）是指致病基因位于常染色体上，且由单个等位基因突变即可起病的遗传性疾病。具有如下特点：①只要体内有一个致病基因存在，就会...

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