1）简介 edgeR作用对象是count文件，rows 代表基因，行代表文库，count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差...

理论基础 在上篇的比对中，我们需要纠结是否真的需要比对，如果你只需要知道已知基因的表达情况，那么可以选择alignment-free工具（例如s...

概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungappe...

质量汇报生成与读取 fastq质量汇报 使用命令fastqc -o 来进行质量报告。 需要注意的是./fastqc前面的"."不可以省略 ...

1、fastq文件 一般我们从公司里得到的原始测序数据都是属于fastq.gz文件, .gz是一种压缩格式的缩写，于是首先第一步是对这些压缩格式...

conda简介 Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda ...

1.在 UCSC 下载 hg19 参考基因组；2.从 gencode 数据库下载基因注释文件，并且用 IGV 去查看感兴趣的基因的结构，比如TP...

把https://www.jianshu.com/p/c2328c2c83a1下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc...