《冥王星时刻》的故事大致是讲述王学兵饰演的导演王准为了一部电影采风，期间发生的种种故事。假设性认为，章明似乎在对这部电影进行创作焦虑投射，影片中王准一直寻找的《黑暗传》是来自章明儿时的听闻。期间王准在与村民的对话中，得知这是一部“艺术片”，而作为第6代的章明，正式以一部《巫山云雨》打开自己风格化尝试的道路。导演王准似乎就是导演章明，一路上拍摄的种种无奈又像是这部电影诞生前的各个困难。知音难寻的艺术形态表达，或者是章明本人的情感流露。
这部影片涉及到了神秘主义的讨论，神秘主义的意义在于能够使人们获得更高的精神和心灵力量的各种宗教仪式。尽管章明表示并没有刻意为之，但在拍摄过程中出现了一些超越现实的状态，他觉得每个人都会遇见这样的时刻。其英文词根源自于希腊动词，意味着“闭上眼睛”，这和片中苦苦寻求的《黑暗传》不谋而合，尽管需要闭上双眼，但该流派主张打开心灵上的眼睛，借此寻求自我。在与村民的交谈中得知《黑暗传》丢失已久，传言称看过此书的人都患上眼疾，虽说原版书籍丢失，但是仍有村落在葬礼期间以《黑暗传》为词的丧歌。
《黑暗传》究竟为何物？源远流长的中华文明，鲜有记载的史诗流出，在藏族的《格萨尔王传》，蒙古族《江格尔》以及何尔克孜族的《玛纳斯》流出之后，记录汉族人民史诗的《黑暗传》也浮出水面。这是记录洪水滔天之前的黑暗混沌，也就是天萌芽之际。探讨“天是怎么来的？山是怎么来的？水是怎么来的？人是怎么来的？”的哲学感悟，竟出自偏远山区的丧歌之中，或许这就是王准，也是章明想要追寻的意义。
一路上有不少的人物对话，看似拍摄路上的生活片段，却有点题和衔接情节之需。先前就与村民聊天过程中得知这是部“艺术片”，而村民口中的艺术片是张艺谋拍的那种，王准回应道“我们没钱”。与女摄影师度春之间的对话才值得深思，王准与她谈论自己拍摄电影的意义，王准电影之中的“孤独”似乎只有度春看得见，在提出“例如观众看不懂拍的东西怎么办？”时，度春回答“我们就是在拍观众看不见的东西”，这就像片中的一直寻找的《黑暗传》，神秘又难以莫测。“冥王星时刻”这一概念在一次葬礼上从老师的口中说出，冥王星是最边缘化的，章明认为自己的电影也是边缘化的，里面的人物也有着他自己的“冥王星时刻”，半明半暗，举步维艰的时刻。
在这个被大山隔绝的村落中，有自然的意义，包括内向自然的生命自然，杀猪和葬礼；又有外向自然，一行人困在森林的暴雨之中。还有一路寻找的《黑暗传》探讨的是天，是地，是历史，更是人类的存在。
期间提及的野人，山洞里的失语者都是在叩问历史和存在。沿山路而上的一行人来到原始村落，好似科波拉的《现代启示录》沿江而上回到原始部落的小队，章明说剪片子的时候灵感确实来自于此，但是影片在回溯的过程中，寻找的是一条解脱之路。
影片最后一行人终于如愿看完葬礼，连夜赶到下一个地方。返途正值天光破晓之际，那是天刚亮灰蒙蒙的时刻，也是拨开云雾见青天的前奏。但或许是章明在电影路上的“冥王星时刻”，但曲高和寡的意识形态表达，也成了观众在观看这部电影时的“冥王星时刻”。
