慕容超初到南燕之时，镇南长史悦寿兴冲冲地对兖州牧慕容法说：“我前几天见到了北海王的儿子，他天资高雅，神采不凡，真不愧是皇族中人啊！”
慕容法嗤之以鼻，说：“当年成方遂假称卫太子，也没有人能够分辨真假，谁知道他到底是不是个真皇族！”（成方遂是个占卜之士，曾经冒充汉武帝的卫太子刘据，后被腰斩。）慕容超听到了后，非常怨恨他，两人从此结怨。
慕容德死后，慕容超即位登基，慕容法不敢前去奔丧，慕容超派人去谴责他。慕容法害怕灾祸的到来，就和慕容钟、段宏等人谋反，慕容超把他们在京城的同党抓起来杀了，又在东门外车裂了封嵩，封融遂投奔了北魏。
慕容超随后派慕容镇攻打青州，慕容昱攻打徐州，慕容凝及韩范攻打兖州。慕容昱攻克了莒城，段宏战败投奔北魏；慕容镇攻克了青州，慕容钟杀死了自己的妻子儿女，挖地道逃出了青州，投奔姚兴；慕容凝计划刺杀韩范，反攻广固，被人告密，让韩范知道了这件事，慕容凝只得只身逃往梁父，韩范攻陷梁父后，慕容凝又投奔了后秦姚兴，慕容法则逃往北魏，几个主谋逃脱后，叛乱很快被平息。
慕容凝到后秦后被姚兴册封为侍中，此时他得知了韩范出使后秦的事情，便对姚兴说：“燕王称臣，本意并不是拥戴高德明君，仅仅是为了母亲的缘故屈身而已，古代的君王尚且要发动军队去索取人质，怎么能白白地归还他的母亲！而且慕容超一旦得到母亲和妻子，便不可能再向您称臣，所以应该先让他送歌舞伎人来。”
姚兴于是改变了主意，对韩范说：“我把燕王的家属送回去那是肯定的，但是现在天气很热，等到天气凉快了之后再送。”
慕容超无法，只得派张华、宗正元去长安，送给姚兴皇家歌舞伎人一百二十人，姚兴很高兴，设宴款待燕国使者。
歌舞开始后，姚兴的黄门侍郎尹雅对张华说：“想当年殷朝将要灭亡的时候，乐师归了周朝，现在我大秦国运昌盛，燕乐便来到了宫廷，衰败兴旺的征兆，在这一点上就看出来了！”
张华反驳道：“自古以来的帝王们，为道各有不同，权谋诡诈的方法，都是为了成就功业。所以老子说：‘将欲取之必先予之’，既然现在宫乐从西边的燕国而来，将来也会从你们这里往东回去，祸福的效应，这就是征兆吧！”
姚兴愤怒地说：“当初齐、楚二国互相争辩，导致了连年征战，你是个小国的臣子，怎么敢和我国的官员顶撞！”
张华拱手行礼道：“当初我奉命出使的时候，实在是希望和上国结好，上国既然嫌弃小国的臣子，侮辱我们的国君和国家，下臣还能有什么办法，当然要应酬几句了！”
姚兴很赞赏他的气节，于是归还了慕容超的母亲和妻子。
慕容超正月初一在东阳殿大宴群臣，听到歌舞声响了起来，叹息乐舞不齐备，闷闷不乐，后悔把伎人送给了姚兴，于是召集群臣商议入侵东晋。
大臣劝谏说：“先帝因为旧京沦丧，才隐匿在三齐地区，假如时机不成熟，上智之人不考虑采取行动。现在陛下应该恪守陈规，关起国门休养将士，等待时机成熟，不要和南方邻国结怨，广树仇敌啊！”
慕容超说：“我主意已定，不和你们废话了。”
二月的时候，慕容超派大将斛谷提、公孙归等人率领骑兵进犯东晋的宿豫，大肆抢劫一番后便回去了，然后挑选被俘虏的男女青年二千五百人，交给太乐去教习歌舞。
接着又侵犯了济南，俘虏了一千多名男女回去，因此，从彭城往南，东晋居民全部修筑城堡聚居一起，进行自卫，东晋朝廷下诏，命令刘道怜镇守淮阴，用来戒备南燕骚扰。
慕容超封赏攻打宿豫的功劳，斛谷提等人全部封郡、县公，慕容镇进谏道：“我听说要奖赏有功勋的人，没有功绩的人得不到封侯。现在公孙归他们引起灾祸，交兵打仗，残害百姓，陛下封赏他们，这样不合适吧！忠言逆耳，不是亲近的人不会说出来，臣下虽然愚昧衰朽，但是既然身为国戚藩王，就要竭尽我的忠诚，希望陛下能考虑我的话。”
慕容超很生气，不作回答，从此以后百官都不开口，不敢再说什么话。
同年三月，东晋刘裕为抗击南燕，外扬声望，上表请求讨伐南燕，至此拉开了刘裕北伐的序幕。
慕容超与众臣商议，公孙五楼提出三策，上策是拒晋军于大岘（山东临朐县南，即穆陵关）之外，挫其锐气，断其粮草，猛攻其腹背；中策是铲除地里的庄稼，坚壁清野等待时机；下策是放晋军进入大岘，出城迎战。
慕容超说：“京都地方富裕，人口众多，不能马上进入战备状态，地里的青苗也不能全部铲除，如果用铲除禾苗的方法来守住都城保全性命，朕做不到。现在我们地盘坚固，兵力强盛，即使让敌人越过了大岘，也可以用精锐的骑兵打败他们。”
慕容镇又劝谏：“如果用陛下的方法，在平原上用战马，那应该出大岘迎战，就算打不赢，还可以退守，不能把敌人放进大岘。当年成安君没有守住井陉关，结果被韩信打败，诸葛瞻不占据险隘之地，终于被邓艾擒获，天时不如地利，固守大岘，才是上策。”
慕容超死活不听，聚集守兵，修筑城壕，简选兵马，养精蓄锐等待敌人的到来。也许他的方法没有错，可他的对手是南北朝时期杰出的政治家、改革家、军事家刘裕。
到了第二年正月初五时，东晋的刘裕攻克了南燕的都城广固城，拆毁了广固城墙，把慕容超押回建康斩首，时年二十六岁，南燕灭亡，慕容超也成为鲜卑慕容部的最后一位帝王。
